小户川是个性格乖僻且寡言的怪人。作为一名私人出租车司机，他在串街揽客的同时也尽可能地不与他人发生联系，每天过着平凡的生活。然而有一天，他意外地被卷进了“练马区女高中生失踪事件”中。不仅如此，小户川的邻居也提供了“在他独自居住的房间里有传出说话的声音”此类令人不安的证词。 上亿的巨额资金、目的不明的流氓集团、正要走红的偶像团体、被领袖化的大学生等，各种事物纠结在一起，最终演变成无法收拾的混乱状况。尽管如此，借由某个计划付诸实行的契机，一口气收拾了整起事态。这一连串包含了诸多悲哀与荒诞的事件，似乎是暂时落幕了，原本是这样以为的。被牵扯在其中的人们一一提供证词。在故事表象背后的背后，究竟发生了什么事，这些线索拼凑在一起后，事件又浮现出了全新的轮廓。一位出租车司机所体验的“彻底改变人生的事件”转换了样貌，再次撼动了命运的齿轮。

转学来到景部市高级中学的神秘美少女「诗音」因为出类拔萃的运动神经及天真烂漫的个性而成为了学校中的风云人物…而她的真面目其实是正在进行试验的【AI】！诗音来到了在班上总是孤单一人的「悟美」面前，并突然开始唱起歌来。她使用各种出乎意料的方法，试图让悟美获得「幸福」。然而诗音却因为为悟美的某项行动而被卷入了一个大骚动之中——。有一点脱线的AI与同学们所共同交织出的一场扣人心弦的喜剧故事！

地心引力不再的东京，一名男孩和女孩相互倾心……
世界各地降下一阵泡泡雨，地心引力定律就此瓦解，故事在此时从东京开展。
东京与外界彻底隔绝，成了一群年轻孤儿的游乐场。大伙在此成群结队，穿梭跳跃各个建筑，上演跑酷大战。
以危险的游戏风格闯出名号的年轻好手响，某天不慎失足，坠入扭转重力的海里，幸而被掌握神秘力量的女孩诗搭救。接着，俩人竟听见别人完全无法耳闻的独特声响。
诗为何会出现在响的面前？俩人相遇，继而揭开足以改变世界的真相。

全10話の配信版を湯浅監督の手による編集で再構築し、 5.1chの劇場仕様の音響と共に、映画として生まれ変わった『日本沈没2020　劇場編集版』が11月13日（金）に全国公開となります。
現代の世界が内包する様々な要素が詰め込まれた全10話の配信版から、1本の映画として情報量を絞ることで、令和における日本沈没の持つテーマ性と時代性がより鮮明となった本作。沈みゆく日本、人々はどこへ向かい、我々はこの事態をどう見つめるのか？ 命のバトンをつないだ先にある希望とは？
否応なく究極の選択を突きつけられた人々が向き合う現実と再生の物語が、再び始まる！

动画版的故事设定在2020年，讲述了某学校中学一年级的男学生们，集体在废弃工厂建立所谓的“解放区”，并发动了针对大人们的“叛乱”后的故事，借此反映了学生学业过重、学校对学生任意进行体罚等种种社会问题。