《新神奇传说3》是日本TGL公司脍炙人口的正宗RPG/SLG游戏。游戏耗费巨资搬出了强大的制作群为后盾，原画方面请到了《剑芒罗曼史》、《YU-NO》闻名的Mario金田老师担纲人物设定，并为本作绘制许多美丽的CG。剧情由“久远之绊”、“风雨来记”的小林且典老师担任。而音乐方面除了众所周知的市尾贤治老师负责BGM之外，更请到了美少女游戏界最抢手的I‘ve Sound来制作主题曲"Wing My Way“，演唱者更是超有名的那位KOTOKO！

洛基（迈克尔·特瑞威诺 Michael Trevino 饰）、小马驹（麦克斯·艾略特·斯莱德 Max Elliott Slade 饰）和丹丹（Chad Power 饰）是情同手足的三兄弟，他们的祖父田中（黄自强 饰）曾是身怀绝技的忍者，趁着三兄弟前来度假，教授了他们几套独门绝技。
三兄弟的父亲山姆（Alan McRae 饰）是FBI的探员，正在追捕恶名远扬的军火走私商人施耐德（Rand Kingsley 饰），没想到却遭到了后者派出的忍者兵团的暗算。为了完成一笔交易，施耐德绑架了三兄弟，以他们的性命相要挟，使得山姆不敢轻举妄动。田中和施耐德曾经有过一段不太愉快的过去，如今外孙们生命危在旦夕，田中毫不犹豫的重出江湖，直捣施耐德的大本营，一场恶战即将拉开序幕。

每天无忧无虑的小老鼠生活在像花园一样的火星上，到处长满了各种棒棒糖和冰淇淋，它每天早晨起来在大树前晒晒太阳饿了就吃棒棒糖，困了就睡上一觉快快乐乐的生活着。这天，小蜜蜂给它送来了一面镜子，正当它在镜子前照来照去的时候，从镜子里出来了好多小老鼠，它高兴的又蹦又跳。小老鼠们依偎在大树旁幸福的吃着各种棒棒糖，吃饱后它们跳着欢快的舞，唱着欢乐的歌高兴极了，天渐渐黑了小老鼠睡着了，其他的小老鼠们都回到镜子里去了，小蜜蜂把镜子拿走了。小老鼠明天醒来后还会有哪些惊喜在等着他呢？

1895年，一对男女神童降世。两个孩子在同一时辰出生在上海西城某家医院，他们的母亲在产后离开了人间。皇太后因得知天命神童能解救天下贫苦的百姓，便下令在他们出世后立即除掉。尚蔲为了保护天命神童的安全，安排法国人马丁将他们带去法国，并将他们抚养长大。皇太后又派忠臣普顿前往法国追杀这对神童，因这对神童相握手时，会产生无穷的魔力，双方于是展开了激烈的斗争，天命神童战胜了邪恶势力并最终返回到中国；通过更换父亲的碑文，救活了他们自己的父亲。随后天命神童便丧失了魔力成为了两名普通的孩子，并开始了新的生活。

七岁的玛雅（金井美香 配音）非常调皮，这让玛雅的妈妈（麻上洋子 配音）感到十分头痛，于是，她找到了村里有名的魔法师，向他讨教良方。魔法师给了玛雅的妈妈一本名为《拇指姑娘》的故事书，在给玛雅念这本书时，玛雅的妈妈睡着了，玛雅也因此变成了拇指大小，进入了书中的世界。
在这里，玛雅遇见了名为席拉（宗形智子 配音）的善良仙女，席拉告诉玛雅，在南国住着一位水晶王子，只有他才能唤醒玛雅的妈妈，使玛雅回到原来的世界。就这样，玛雅踏上了前往南国的旅途。途中，玛雅遇见了小精灵布尔（山田恭子 配音），两人结伴而行，随后，青蛙盖洛达也加入了玛雅的队伍中去，对他们时时阻挠的，是一个名叫赫鲁拉（麻上洋子 配音）的邪恶魔鬼。

表面看来，江藤兰世（原荣里子 配音）只是一个普普通通的女孩子，可实际上，她出生在一个不得了的家庭之中。兰世的父亲望里（安原义人 配音）是一名吸血鬼，而母亲椎罗（小原乃梨子 配音）拥有着狼人的血统，这也就意味着，兰世既有可能继承父亲的血统成为一名吸血鬼，也可能成为狼女。只是血统的差异至今还没有在兰世的身上显现出来。
兰世终于能够上学啦，在学校里，兰世遇见了名为真壁俊（水岛裕 配音）的男生，情窦初开的她瞬间坠入了情网。哪知道同班女生神谷曜子（富永美衣奈 配音）也一直暗恋着真壁俊，两个女生之间产生了激烈的竞争，兰世的特异能力亦在矛盾之中被激发了出来。

顽皮的原始人--小刚随父母在野外生活，一个偶然的机会，他和可爱的大猩猩成了形影不离的好朋友。为了使小刚成为真正的原始人，一家人历经磨难，他们于北极历险、与凶猛的长毛象展开撕杀、遭遇飞碟、感受地狱之旅、拯救美人鱼……。同时，一家人也曾尝试农耕生活，甚至搬到了天上，但最终还是觉得原始生活最适合他们。在森林勇士大猩猩的帮助下魔难被一一战胜，顽皮的小刚也成长为一名真正的"山林小猎人"并得到了可爱的阿波的青睐

尼路路星球人美儿（渡边菜生子 配音）和爷爷他们乘坐的太空船发生故障，落到了阿尔卑斯山脚下的一个小岛上，从此留下来生活。尼路路星球人把高档猫当成敌人，每天都在训练防止受到侵犯。活泼善良的美儿每天除了训练外，还和小鸟们玩耍每天都非常快乐。后来美儿和小伙伴们外出玩时，看到了一座漂亮的大房子里因哮喘病发作刚刚死去的玛利亚（安田亚希江 配音），美儿眼泪滴到了玛利亚的脸上救活了她（尼路路星球人少女的眼泪是生命之泉），从此成了好朋友。玛利亚从小就体弱多病，两岁时母亲去世，父亲工作太忙经常不在家，只有潘妮老师在家陪她，使她变得越来越孤独忧伤，活泼开朗的美儿的出现，会使玛利亚今后的生活发生哪些惊奇变化呢？