“亚人”是1980年代开始渐渐出现在人类视野之中的新人种，他们源自于人类，有着和人类一样的外貌，却有着不老不死的肉身，只有一个人类死亡之后，才能够判断他是否为亚人。人类恐惧亚人身上所蕴藏的强大力量，对他们发起了严酷的追捕和研究。
永井圭（宫野真守 配音）是一位平凡的少年，拥有高超的智商和优秀的成绩，某日，在一场交通事故中，永井圭不幸丧生，随后变为亚人，遭到了军方的通缉。在童年好友海斗（细谷佳正 配音）的帮助下，永井圭踏上了逃亡的旅途，期间遇到了身份神秘的帽子男佐藤（大冢芳忠 配音），虽然佐藤和永井圭同为亚人，但不知为何，佐藤将永井圭视为了敌人。

故事发生在日本的江户时代，一名神秘的男子出现在了武士桂小太郎（石田彰 配音）的面前，他手握妖刀“红樱”，要求试刀，这个夜晚之后，桂便下落不明。桂的宠物伊丽莎白（高松信司 配音）找到万事屋的神乐（钉宫理惠 配音）和新八（坂口大助 配音），委托他们寻找主人的下落。同时，银时（杉田智和）也受到委托，寻找四处作恶的红樱的下落。三人的线索汇聚到了一艘空中飞艇上，由于远离警察的管辖范围，飞艇里的恶势力一手遮天。在那里，银时遇见了曾经的战友现在的对手高杉晋助（子安武人 配音），高杉正带领着自己的鬼兵队企图毁灭江户。一面是穷凶极恶的恐怖分子，一边是暴虐嗜血的妖刀红樱，身受重伤的银时能够平安脱险拯救江户吗？
此次剧场版重制了《银魂》动画中的《红樱篇》，其中，在原作中未出场的真选组也将在故事中大显身手。

漩涡鸣人所在的第七班接到了一个新的保护任务，电影《风云姫の大冒険》系列里饰演风云公主的女影星富士风雪绘要去一年到头都是雪的“雪之国”拍这部电影的完结篇，富士风雪绘的经纪人三太夫委托第七班去做她的保护者。而富士风雪绘为了不去“雪之国”，屡次试图从拍摄现场逃走，她这样做的原因，其实和她所隐瞒的过去有关。故事讲述的是以漩涡鸣人为首的木叶下忍们，接受保护因演出热门电影《风雪姬大冒险》而大红大紫的女明星富士风雪绘前往终年覆盖坚冰的“雪之国”拍摄电影的任务。但在那里等待他们的却是雪忍三人众的袭击。令人好奇的是这三个人居然与卡卡西老师有一段旧日的恩怨，在鸣人他们完成任务的同时，卡卡西过去的秘密也慢慢被揭开了。