公元 2700 年，人类文明高度发展，却因污染和生活垃圾大量增加使得地球不再适于人类居住。地球人被迫乘坐飞船离开故乡，进行一次漫长无边的宇宙之旅。临行前他们委托 Buynlarge 的公司对地球垃圾进行清理，该公司开发了名为 WALL·E（地球废品分装员的缩写）的机器人担当此重任。 这些机器人按照程序日复一日、年复一年辛勤工作，但随着时间的流逝和恶劣环境的侵蚀，WALL·E 们接连损坏、停止运动。最后只有一个仍在进行这项似乎永无止境的工作。经历了漫长的岁月，它开始拥有了自己的意识。它喜欢将收集来的宝贝小心翼翼藏起，喜欢收工后看看几百年前的歌舞片，此外还有一只蟑螂朋友作伴。直到有一天，一艘来自宇宙的飞船打破了它一成不变的生活…

本片是《麦兜故事》系列的第三部，由现实和动画两部分故事组成。
现实部分的故事开始于一次“人质挟持事件”，一群持枪匪徒闯入香港中环的国际金融中心（IFC），劫持了一家广告公司的数十名职员，在和警方对峙的关键时刻，匪徒提出要吃外卖盒饭，警方进一步调查发现此案线索涉及“春田花花幼儿园建校五十周年校庆”，而匪徒在与广告公司职员交谈时，发现某个直发披肩女孩（周笔畅）来自著名而神秘的网站春田花花幼儿园，产生好奇。而穿插在现实部分里的动画故事，春田花花幼儿园的小朋友幻想着自己将来快乐简单的理想职业生活，可是长大的他们（黄秋生、郑中基、梁咏琪等），换取温饱的方式多数变成了目标不分的随大流装傻。

麦兜，一个长得不帅，头脑平平的小朋友。和妈妈麦太太，在香港一个叫大角咀的地方过着并不富裕却很快乐的生活。从麦兜带着妈妈的期望来到世界那一刻开始，他的脑海中一直飘满七彩幻想的泡泡。那个蓝天白云，椰林树影，水清沙白的童年的马尔代夫，那充满诱惑的圣诞火鸡的浓香，还有那个关于“抢包山”的奥运金牌的梦想，让麦兜平凡着他的平凡，却幸福着他的幸福。麦兜，和春田花花幼儿园的小朋友们一起，陪着我们，简单的在爱的呵护下慢慢长大。

长江三峡，考古学家掘出庞然巨物，手工奇劣，一看竟是麦子仲肥又一废物出土！麦子，名兜，字仲肥，是我国一位吃饱撑的思想家、发明家。正当大家不知如何处置这大而无当之物，一位怀疑是麦子十八代后人的小朋友，麦兜（郭君彦/张正中 配音），正与妈妈麦太（吴君如/宋丹丹 配音）一起在香港发呆。
麦兜很慢，很乖，很钝，被评定为多元低智能。麦太也好不了多少，半辈子乱冲乱扑，却都在扑空。为了自己，为了麦兜，麦太决定带麦兜来内地闯天下。到了武汉，麦太忍痛先把麦兜送到山上一武术学校“太乙春花门”寄宿。山上生活清苦，掌门道长（黄秋生/张立昆 配音）呆头呆脑。麦兜无心习武，最大的乐趣是跟小同学偷入炼丹房煮方便面；值得庆幸的是，麦兜的身边还有一位可亲的助教“熊宝弟弟”，不时照顾麦兜。
“世界幼儿园武术大赛”即将举行，“太乙春花门”小朋友软手软脚，看来只有挨揍的份儿。“国际幼儿园武术大赛”，麦兜迎战各地好打小朋友。这时，麦兜祖宗麦仲肥的巨物突然当、当、当的响起。原来这是个一年等于一秒，每三千六百年才报一次时的大钟…大成若缺，大器晚成。麦兜忽然领悟出太极拳，以至自己生命的道理……

《黑客帝国动画版》由9段以《黑客帝国》系列电影世界观为基础生发出的短片组成，各篇的角度与风格各异，制作班底汇聚了日本、美国、韩国三地的动画精英。《机器复兴》讲述了MATRIX的历史。机器人不堪人类恶劣对待，终于反抗并将人类化为能源。《少年故事》讲述一名少年突然收到来自网络的召唤，而大批黑衣人开始对他展开围捕。《虚拟程序》展示了一对男女在虚拟训练程序中的片断。《世界纪录》描写一位短跑运动员在接近突破人类极限时终被系统牢牢控制。《超越极限》叙述因为系统错误，平静的街区中出现了一片超常区域。《侦探故事》描写一位侦探被步步引领着试图摆脱系统的桎梏。《矩阵化》讲述一只机器人被人类捕获并驯化的故事。《终极战役》记录了一艘飞船毁灭的经过。

故事始于2046年，为了追捕侵袭火星的外星人多鲁米斯星人，宇宙探索舰Lysithea号在各地挑选先发人员，初中生美加子（武藤寿美配）也成为一名宇宙员。开始了辗转于火星、太空基地、木星、冥王星等各地的演习。
美加子离开地球后，她的同班同学小昇（铃木千寻配）仍然能收到来自宇 宙的问候——美加子时常发来短信告知近况，只是随着距离的扩大，短信送达地球的时间就会越来越长。“有一天一定能再见面吧！”对方都这么想着。可是，美加子终于杳无音信了。
8年后，小昇在报纸上读到了8年前宇宙军和多鲁米斯星人恶战且几乎无人生还的新闻。此时手机突然响了：“24岁的小昇你好，我是15岁的美加子哦！……”手机屏幕上映出这样的话来。

吸血鬼猎人D是吸血鬼王和人类女子生的后代，他身手敏捷，是响当当的吸血鬼猎人。这次，埃尔邦家族的千金夏洛特被吸血鬼掳了去，庄园主请来了D和吸血鬼猎人马克思兄妹前往营救。途中，D和马克思兄妹因为争夺酬金而互相较量，弄得不欢而散。随后，D受到了贵族三杰的袭击，紧要关头D突然发病，危在旦夕之际马克思兄妹中的蕾拉救了D，他们相互约定日后谁先死对方就要前往其墓前献花。
其后，他们查明了夏洛特并不是被吸血鬼掳走了，而是恋上了吸血鬼马埃尔，两人一起私奔，正前往吸血鬼伯爵夫人卡米拉的城堡搭乘卡米拉的飞船前往世外桃源“夜之都”开始他们的新生活。然而卡米拉只是将他们骗去，她的真正目的是吸干夏洛特的鲜血让自己复活。D及时赶到，和卡米拉展开了一场生死大战。