主人公の木之本桜は、私立友枝小学校に通う小学4年生。この世界に解き放たれてしまった「クロウカード」（封印が解かれるとこの世に災いが訪れるという魔法のカード）を回収するため、封印の獣、ケルベロス（ケロちゃん）と一緒に「カードキャプター」となったさくらが友枝町を舞台に活躍する。