金轮国王妃（叶玉卿 饰）与表哥欧阳锋（梁朝伟 饰）有染，为霸占江山，他们毒死了国王，但没找到传国玉玺。得知玉玺在前往九宫山找寻其师父求助的三公主（林青霞 饰）手里后，欧阳锋企图抢到手但没成功。糊涂国师（张曼玉 饰）在淫威下屈服，查出三公主的具体下落，欧阳锋乘火箭金靴追赶 ，却误脱落一只插死刚出关的王重阳（钟镇涛 饰），奄奄一息的王重阳恳求适逢路过的三公主找到其师弟周伯通（刘嘉玲 饰）代为报仇。逃到九宫山的三公主邀得师弟黄药师（张国荣 饰）与师妹（王祖贤 饰）相助，再加上前来寻找表妹的洪七（张学友 饰）、找到真心人才能成仙的段智兴（梁家辉 饰），一场与欧阳锋的生死恶战蓄势待发……

张正（周润发 饰）这名美籍华人被任命到中国大陆护送一件宝物运到美国。随后他来到了著名的少林寺等待消息。随和的他马上跟少林寺里一名七岁的小和尚清淳结下友谊之情。毕竟凡夫俗子与出家人的生活习惯存在很大的差异，就连文化差异上也存在很多的分歧。因此有很多事情，让身为客人的张正大感意外与不忿。
后来张正才知道，那宝物是一个拥有特异功能的少女小菁（吴倩莲 饰）。两人共同发现了一个大阴谋，却阻挡不了两人感情的增长。