はるか未来。人類は地下シェルターの中で、徹底管理された生活を送っていた。「なぜ世界は滅び、人類はこのシェルターに籠らねばならなかったのか？」今日もヒストリー機関のメンバーは、過去の記録映像から世界滅亡の原因を議論する……たぶん。

A sleeping gigantic electric generation kaiju No.33, so-called Eleki-Magma, which the city relies on its electric power. One day, a mysterious giant robot Proto-Taitan appeared in the sky and destroyed the city! An accumulation of electricity, which lost its way in the body, has finally awakened Eleki-Magma!

未来世界，科技高度发达，极度仿真的高智能人形机器人深入到社会的方方面面，成为人类的得力助手。只是狂妄自大的人类似乎单单将机器人看作服务自己的奴隶，而忽略了他们悄悄滋长的万千情感。正就读高中的向坂陆夫（福山润 配音）如很多“钻头系”（过度依赖机器人的族群）一样，日常生活全部交由机器人萨美（田中理惠 配音）处理，并且绝对相信机器人三大法则的规定。可是近一段时间发现，萨美时常会去一些指令之外的地方。倍感困惑的陆夫约请好友真崎正树（野岛健儿 配音）根据萨美的数据记录来到了一家名为“夏娃的时间”的咖啡馆，他们惊奇地发现这里聚集了许多刻意消除掉标志性光环的机器人，此时的他们与人类无异，并且也有着各自的快乐和烦恼。
与此同时，针对人型机器人“自我”状况愈加明显的情况，以伦理委员会为首的部分组织开始展开行动……

在秩序井然的艾嘉王国，人类谨遵祖先的教训，绝不抬头仰望苍穹，放纵思绪流淌狂奔。传说在很久以前，地上的人们挑战造物，结果致令重力反转，难以数计的人类和建筑“坠入”蓝天，销声匿迹。但森严的秩序和自由思想势必发生冲突，少年艾吉（冈本信彦 配音）夜晚偷偷溜到野外，躺在草地上仰望繁星点点的夜空，而就在此时，身后的洞口出现了一个神色慌张的女孩。她叫帕特玛（藤井雪代 配音），拥有和艾吉全然相反的重力场。为了防止帕特玛跌落到空中，艾吉小心翼翼将其带到小屋保护起来。可是政府很快发现了帕特玛的踪迹，最高领导人动员全部力量展开围捕。
在你来我往的追逐过程中，艾嘉王国和反转人的秘密也悄然揭开……

未来，人类历史发生断片。旧有的社会体系烟消云散，地球形貌发生巨大的改变。而今这个经过“新人类”精心设计的人工世界依靠环境维持装置运行，人们深藏在生命的起点——海洋的深处求生，望着那从未停歇的海雪，心中充满置身于无尽虚空的孤独与彷徨。为了了解过去人类的历史，现在的人们成立了“还原记录发掘局”，他们从废墟内寻找影响记录的碎片，拼凑还原着自己所丢失的历史记忆。青年有罗（中尾みち雄 配音）便是发掘局的一员，当同事们忧伤的接连辞职而去，他仍执迷于发现历史的喜悦之中。这一日，有罗发现一段罕见的带有声音的记录，他试图与分析部门的理子（川島美菜子 配音）合作复原这段记录。
人类因为又不想失去的东西而保存了“记录”，可是现在为止发现的“记录”有保存下来的东西吗？等待有罗的将是怎样的冲击……