故事以主角的第一人称进行，“我”（浅沼晋太郎 配音）是京都大学的一名三年级生，原本期待着有一个玫瑰色多姿多彩的大学生活，希望自己能交上飘逸黑长发的漂亮女朋友。然而事与愿违，主人公经历了一场失败的恋爱，身边的朋友也少得可怜。主人公唯一的朋友小津（吉野裕行 配音），长相像一只妖怪，以捉弄情侣为乐。主人公常常唾弃小津，却离不开他。随后主人公认识了师妹明石（坂本真绫 配音），她是个性格冷淡的黑发少女。
正是因为自己当初选择了网球部，才导致大学两年如此失败，于是“我”假想如果自己入学时选择了另外一个社团，会不会经历另外一种截然不同的大学生活呢？本作从平行时空的角度，围绕着主人公重新从大一新生选择社团开始，选择了各种各样不同社团，发展出不一样的青春故事。

1998年7月，饮酒会归来的下雨之夜，黑桐干也收留了一位无家可归的少女。但不久，少女不辞而别，去向不明。
与此同时，发生了连续杀人事件。死者无一例外，都是由于身体被强大的力量过渡扭曲而死。伽蓝堂开始为此展开调查。
一步步深入的调查，犯罪者居然是当时不辞而别的少女浅上藤乃，而她的能力更是惊人的强大。两仪式，拥有“直死之眼”的少女，再次提起匕首迎战。
日本同人小说最高境界《空之境界》全七章动画化，本作为第三章电影版。

1995年9月，16岁的两仪式与黑桐干也相遇了。
男孩子气的两仪式穿着和服来到学校，特殊的她与任何人都没有交集，除了黑桐干也。二人产生了某种关联，并开始了安稳的校园生活。
同时，街上出现了连续猎奇杀人事件。由于警察朋友的关系，黑桐了解了一些内幕，他感到这个事件与式的双重人格有某种关系。
两仪式与两仪织，猎奇杀人事件的真相到底是什么？两仪家的秘密在黑桐眼前逐渐展开。
日本同人小说最高境界《空之境界》全七章动画化，本作为第二章电影版。

“荒耶，你在追求什么？”“真正的睿智。”“在哪里追求？”“只在自己的心里。”
1998年11月，胭条巴遇到了两仪式并被她吸引。胭条巴每晚都做噩梦，自己犯下的罪行不断重现。两仪式为了调查事件的真相，前往胭条巴的寓所，却不知道，他们不知不觉已经进了敌人的圈套——复杂的“矛盾螺旋”。
而在这一切的背后，是名为荒耶宗莲的男子。他宿命的劲敌是魔术师苍崎橙子，最强的人偶师。伽藍堂全体出动，赌上性命的战斗即将开始。
日本同人小说最高境界《空之境界》全七章动画化，本作为第五章电影版。

1998年06月，意外事故后昏睡两年的两仪式苏醒了。
18年的记忆没有了，两仪织的人格也代替两仪式死去了。只有名为“黑桐干也”的男子守护在自己的身边。还有眼前奇怪的现象。两仪式获得了直视万物死之线的异形之力“直死之眼”。
黑桐干也的上司，苍崎橙子，来到医院接触两仪式，教导她“直死之眼”的使用方法。医院突然遭到袭击，式手握匕首，跨出了2年来，最坚毅的一步。
日本同人小说最高境界《空之境界》全七章动画化，本作为第四章电影版。

1998年9月，围绕巫条大厦发生了连续少女坠楼事件。媒体将其报道为无法解释的自杀事件，而有一个人，看出了事件背后的某种关联。
她是魔术师苍崎橙子，伽蓝堂事务所的所长。解决都市不可思议事件的伽蓝堂只有三位成员：苍崎橙子、黑桐干也、两仪式。拥有“直死之眼”的两仪式受橙子所托，前往巫条大厦调查。等待她的是意想不到的敌人，而对抗敌人的武器，只有那把一直在式手中的匕首。而远在伽蓝堂，黑桐似乎被巫条大厦的魔力控制，失去了知觉。
日本同人小说最高境界《空之境界》全七章动画化，本作为第一章电影版。