由原作动画“真选组暗杀篇”为主线剧情，并另外搭配短篇搞笑日常组成。 真选组副长土方十四郎在护卫将军的过程中，遭遇浪士偷袭，脖子被植入芯片，以至于行为御宅化，对于二次元事物无法抗拒，洽逢真选组参谋—伊东鸭太郎归队，野心勃勃的伊东策划排挤土方，并与鬼兵队联手，企图在列车上暗杀组长近藤勋。 土方在意识清醒时委托万事屋保护真选组，阿银一行人也因此意外卷入事件，并在过程中意外发现鬼兵队河上万斋等人的真正阴谋…

外星异族降临地球后，人类成了“二等公民”。三个曾反抗外星人失败的伙伴，如今时过境迁境遇各不相同：坂田银时（小栗旬 饰）整日晃晃悠悠没正经、成立了什么业务都接的“万事屋”；桂小太郎（冈田将生 饰）继续组织着反抗异族的力量、延续对抗；高杉晋助（堂本刚 饰）则变成了憎恨世界的人，为毁灭一切不择手段；一把意外出现的妖刀“红樱”杀人事件，把曾经一起战斗的三个伙伴重新串联在一起……

C级、或者说D级明星如月美纪自杀了，这是一年前的新闻。她1周年忌日的追悼会召集了5位男士参加：家元（小栗旬饰）、小田裕二（中山裕介饰）、snake（小出惠介饰）、安男（冢地武雄饰）、草莓女孩（香川照之）。平日在网站上相识的5人第一次见面。献上花束的他们开始追思如月。
“她不是自杀的”不知谁突然说的这句话,令所有在场的人都震惊了，大家开始就如月的死因进行分析，而5位男士，似乎也有自己的秘密。究竟真相是什么？这样的讨论，将聚会中的矛盾推向了高潮。

上世纪中叶，漆黑阴森的湘南特别少年院二舍六房迎来了新的住客：因伤害罪和杀人未遂被捕的水上真理雄（小栗旬 配音）、强壮孔武的远山忠义（黒田崇矢 配音）、偷窃欺诈成性的前田升（朴璐美 配音）、有着异国英俊面容的横须贺丈（羽染達也 配音）、酗酒暴力的怪力男松浦万作（脇知弘 配音）以及狡诈精明的野本龙次（藤原啓治 配音）。黑暗的过去，悲伤的童年，让这群少年的未来充满绝望。幸运的是，二舍六房的前辈樱木六郎太（小山力也 配音）担当起教育少年们的责任，在芜杂的战后日本社会以及混乱黑暗的少管所内，樱木带着6名少年朝着光辉的梦想矢志不移前进……
本片根据安部让二的同名漫画原著改编（漫画家柿崎正澄但当作画）。