砵仔糕（周润发饰）、阿占（张国荣饰）和红豆（锺楚红饰）均是孤儿，在养父（曾江饰）栽培下成为国际大盗。长大后成了帮他赚钱的艺术品大盗，而三人同时又认了警察（朱江饰）为干爹。
法国巴黎博物馆内，名画《赫林之女仆》被人盗走。与此同时，阿海、阿占和红豆三人以敏捷身手盗得另一幅名画，在与法国大哥交易时得知名画《赫林之女仆》在妖气重重的古堡内，他们在曾江安排下成功地盗取此画之后，反被集团原凶曾江与法国大哥合谋设下陷阱，派人追杀灭口。阿海驾车与杀手快艇相撞……
三人失散，数年后，他们在香港重聚，阿海“瘫痪”住在朱江家里，阿占和红豆已经结婚了。曾江又逼他们去偷画……

金轮国王妃（叶玉卿 饰）与表哥欧阳锋（梁朝伟 饰）有染，为霸占江山，他们毒死了国王，但没找到传国玉玺。得知玉玺在前往九宫山找寻其师父求助的三公主（林青霞 饰）手里后，欧阳锋企图抢到手但没成功。糊涂国师（张曼玉 饰）在淫威下屈服，查出三公主的具体下落，欧阳锋乘火箭金靴追赶 ，却误脱落一只插死刚出关的王重阳（钟镇涛 饰），奄奄一息的王重阳恳求适逢路过的三公主找到其师弟周伯通（刘嘉玲 饰）代为报仇。逃到九宫山的三公主邀得师弟黄药师（张国荣 饰）与师妹（王祖贤 饰）相助，再加上前来寻找表妹的洪七（张学友 饰）、找到真心人才能成仙的段智兴（梁家辉 饰），一场与欧阳锋的生死恶战蓄势待发……

经过修复和重新剪辑的终极版《东邪西毒》。片子取材于金庸的武侠神作《射雕英雄传》，但故事的主线变成了原著中不受人待见的欧阳锋（张国荣 饰）。欧阳锋因为昔日恋人（张曼玉 饰）赌气嫁给兄长而离开家乡白驼山，来到大漠中开了一家专门介绍杀手的酒舍。在沙漠的自我放逐中他重逢了好友黄药师（梁家辉 饰），遇见了精分的慕容嫣（林青霞 饰），深情的想念妻子桃花（刘嘉玲 饰）却不想相见的夕阳武士（梁朝伟 饰），倔强的复仇孤女（杨采妮 饰），初来闯荡江湖的不穿鞋的洪七（张学友 饰）。在经历了他人的生死、感情纠葛之后，欧阳锋得知了恋人的死讯，一切得到释然后他烧毁了酒舍，离开了沙漠……
修复版和94年版在画面、时长、配乐、标题、对白、镜头上都略有不同。