日本战国时代，一小山村面临着山贼的威胁，为了保护秋天的收成，村中长老决定让去请武士来保护村子安全，但只能拿出的报酬是一天三顿的白米饭。在城里，他们遭到了武士白眼甚至被打。直到勘兵卫（志村乔饰）的出现，他现今已沦为浪人，几经考虑最后答应了。他对农民说至少需要七名武士，于是久藏（宫口精二饰）、胜四郎（木村功饰）、五郎（稻叶义男饰）、七郎（加东大介饰）、平八（千秋实饰）和菊千代（三船敏郎饰）等六人也加入了队伍，七个人肩负保卫村子的任务。
整个防御准备的过程中，武士与农民间发生许多摩擦也闹出不少笑话。而在一次偷袭行动中，有武士为救农民被火枪打死，很快山贼的反扑随之而来，一场恶战即将开始。

世界上自古流传的两条头带,"一番"和"二番",佩带一番者有如神,唯一能向其发出挑战的就是二番佩带者,但全世界的人都可以向二番发起挑战. 少年阿非目睹了曾经作为一番的父亲被来挑战的二番"正义"斩首,从此,背负着杀父之仇走上了挑战一番的道路.

故事背景为日本的江户时代，风是一家小茶馆的侍女，这天茶馆里来了一群地方恶霸，其中地方官儿子龙次郎尤其欺人太甚。风因为意外得罪了龙次郎，情急之下，茶馆内一名无职浪人“无幻”出手救了风。另一方面，地方官正在欺压老百姓，流浪武士“仁”路见不平拔剑相助，杀死了地方官身边的四个“高手”保镖，救下了穷人，因此得罪了地方官。
随后，无幻和仁在茶馆里相遇并交手，忽然一场大火将他们困住，二人随之被捕。因儿子在大火中丧生，恼羞成怒的地方官勒令将二人砍首。砍首之日二人大闹刑场，并且在风的帮助下，从刑场中逃出来了。作为代价，风要求他们一起去寻找一个身上“带着向日葵香味”的武士。从此，三人展开了一场奇幻的旅程。
《混沌武士》由渡边信一郎监督，全片彰显了独特的浮世绘加现代Hip-Hop风格。本动画获选为2004年第八回日本文部省文化厅媒体艺术祭动画部门推荐的作品。