幽灵军团的黄泉通过神秘的暗黑医疗术，复活了具有足以毁灭世界恐怖力量的魔物魍魉，希望以此建立黑暗的千年王国。魍魉俯身于黄泉身上，随即命令幽灵军团攻打鬼之国，企图杀害具有封印魔物和预言死亡能力的巫女紫苑，并准备夺回魍魉封印在沼之国的肉体。一旦魍魉的灵魂和肉体合二为一，世界将彻底灭亡。鬼之国遇袭的消息很快传到其他各国，叶隐村的忍者也被调动起来。鸣人、小樱、宁次和小李受命前去保护紫苑。然而，鸣人却从紫苑的口中得到他将死去的预言……