41岁的出租车司机小户川没有家人，不太跟他人有瓜葛，没几个熟人。他的乘客都是一些怪人。跟乘客看似无关痛痒的对话当中，隐藏着一名失踪少女的线索。

大资本家的千金美津子（平野绫 配音）父母双亡，被叔叔一家收养。在叔叔家的生活令美津子深感压抑绝望，因为她知道，他们一直都觊觎着她所继承的巨额财产，希望她尽早死去，为此甚至不惜使出了投毒的卑鄙手段。某天，一个自称二十面相（内田夕夜 配音）的男子出现在了美津子的面前，他告诉美津子自己是一名侠盗，并且邀请美津子加入他的世界和他一起去冒险，美津子毫不犹豫的答应了。
在新的世界里，美津子结识了各种各样二十面相的伙伴，然而奇怪的事情也开始逐件发生，在解开这些事件真相的同时，美津子发现，许多的疑点都指向了“二十面相的遗产”的谜团。同时，一些不知名的危险也在逐渐接近二十面相。

在这个灰暗宁静的城市里，住着一群生长着灰色羽翼的孩子们，有一个名为“灰羽联盟”的机构在暗中庇护着他们不受到外界侵扰，就这样，沉默的孩子们每一天都过着平静的日子。他们是谁？来自哪里？背后的翅膀有何含义？孩子们一概不知，他们诞生在此，成长在此，没有亲人，没有故乡，甚至没有回忆，他们唯一知道的事情是，只要永远的生活在这栗城里，他们就会是安全的。
这一天，孩子们迎来了他们新的成员落下（广桥凉 配音），作为前辈，空（矢岛晶子 配音）、光（折笠富美子 配音）和砾（野田顺子 配音）怀着喜悦的心情接受了她的到来。而这仅仅是故事的开始，慢慢的，当这些善良单纯的孩子们知道了一切的真相，她们还能够展开灰色的翅膀离开栗城，飞向天空吗？

《枪神》根据由内藤泰弘先生的漫画原作漫画版TRIGUN（トライガン）改编。
故事从梅丽鲁和米丽——两位自称来自贝露那堤保险协会的少女，缉拿“世纪大飓风”的线索开始。可当她们两人遇到这个“红色衣服，金色头发，耳边还有耳环”的法修史坦毕特之后，根本无法想象他就是“传说中使一 个城市一夜间完全毁灭的危险人物，最危险的通缉犯”。这个整天叫着“LOVE＆PEACE”，爱甜甜圈如命的温柔男人怎么可能就是罪大恶极的法修。之后的旅行中他们互相照顾，帮助和保护了不少有困难的人，共同度过了不少险情，成为了很好的朋友。一切的平和直到GUNG-HO-GUNS的出现，一切都发生了改变，法修甚至开了杀戒。这个“与以灭绝人类为己任”超级杀手集团GUNG-HO-GUNS到底和法修有什么关系？他们又将面临怎样的挑战？