讲述了在现代意外复活的巨大恐龙在东京街头暴走，小新、小白和春日部防卫队的朋友们为了守护新朋友纳纳，和恐龙展开激烈决斗的故事。巨大恐龙从何而来，为何复活？身上究竟藏着什么秘密？

天天都是玩樂天！日日都是休假日！運動力超強！瘋狂出鎚！永遠不長大的超強動感幼稚園生！某日，妮妮要小新陪她玩家家酒，而小新扮妻子，但卻被妮妮說失去資格。而妮妮只好再去找正男扮妻子，但是正男也是失去資格。換了小徹之後，結果卻讓妮妮氣到不玩……！鬼點子不斷，狀況百出，野原家依然是幹勁十足！

正男拿著捕虫網在郊野河邊玩著，捕啊……捕啊……竟在草叢裡抓到小新與大象！！原來，小新正打算培養他的興奮「賞鳥」，就跟正男要捕昆蟲是一樣的道理；同時，他們也遇到正在培養自己畫畫興趣的上尾老師，三個人便各玩各的起來。可是，好像都不順手……大家便交代彼此的興趣。

因为一块布丁，野原新之助（矢岛晶子 配音）和妹妹向日葵（こおろぎさとみ 配音）激烈争吵，身为哥哥他自然受到爸爸广志（藤原啓治 配音）和妈妈美伢（ならはしみき 配音）的训斥。小新恼羞成怒，扬言“不要当哥哥！不要妹妹了！”就在此刻，一胖一瘦两个绿衣人出现，声称愿意将小葵收养，以向日葵公主的身份展开新的生活。一道刺眼强光过后，签订了协议的野原一家被吸入UFO，开始了吉凶未卜的宇宙旅行。
从向日葵星国王口中得知，当前这颗星球和地球正面临前所未有的危机，一旦二者间的平衡受到破坏，两颗星球都将迎来毁灭的厄运。而向日葵，正是防止危机的关键……

某日，小新（矢岛晶子 配音）在河堤上捡到了一瓶神秘的液体，把它带回家放在了冰箱里。哪知道美伢（楢桥美纪 配音）和广志（藤原启治 配音）在无意之中将其喝下，隔天竟然变异成为了动物。
之后，一个神秘的环保组织SKBE掳走了小新一家人，而为首的，竟然是双叶里的里长四膳守（山寺宏一 配音）。原来，四膳首是一位激进的环保主义着，妄图通过一种神秘的药物将破坏环境的人类全部都变成动物，而小新捡到的神秘液体就是还尚处于测试阶段的药物，四膳守准备将美伢和广志当做实验对象进行研究。在神秘女子维多利亚（后藤邑子 配音）的帮助下，小新一行人成功出逃，他们和春日部防卫队一起，决心破解四膳守的阴谋。

小新和妈妈一起逛百货公司，他缠着妈妈买了假面英雄最新出品的玩具宝剑。回家之后，发生了怪事，宝剑竟然变成了普通的竹棒。 　　从幼儿园回家的路上，小新遇到了一只和小白长得一模一样的狗狗，唯一的不同在于它是黑色的。小新给它取名为小黑，把它带回了家，并成功地说服了爸爸妈妈，让小黑留在了家里。 　　正当野原一家过着平静的日子的时候，通向黑暗世界库莱顿的大门被打开了，阴谋统治地球的邪恶计划正在秘密推进。 　　一天，一位自称名叫“普莉林”、身材劲爆的大姐来找小新，说他是被选中的勇者，必须对抗来自黑暗之门的邪恶力量。 　　从那天开始，野原家倒霉连连，爸爸失去晋升机会，妈妈在大减价争斗中落败。黑暗的力量在不知不觉中侵袭了进来。 　　一天夜里，小新爬起来上厕所，少年麻达突然出现在他面前。麻达是被派来保护勇者小新的。在他的帮助下尚未觉醒的小新打败了一个又一个敌人。然而更强大的敌人出现了，小新能拯救世界么？！