许多超能力者在得到超能力后，仍试图变回平凡人，过普通人的生活，但神秘组织H.R.G和“食脑人”赛勒（扎克瑞·昆图 Zachary Quinto 饰）却不肯放过他们。“啦啦队长”克莱尔（海顿·潘妮蒂尔 Hayden Panettiere 饰）和养父班奈特（杰克·科曼 Jack Coleman 饰）一家隐居在加州，却发现同学里也隐藏着H.R.G成员；“分裂女”妮基（阿丽·拉特尔 Ali Larter 饰）一心带着儿子过正常生活，却发现被人监视；主动“核爆”的皮特（米洛·文堤米利亚 Milo Ventimiglia 饰）带着神秘伤疤又回来了，好像变成了另一个人，和哥哥内森（Adrian Pasdar 饰）的纠葛也在继续……

本剧是继英雄一、二季后又一力作，情节环环相扣，让我们沿着上面的蛛丝马迹来寻找英雄之路，上一季末Peter在Hiro的帮助下毁掉病毒，Hiro将Adam送回过去，一切看似恢复太平... 　　然而，Niki为救Monica消失在爆炸的火光当中，Nathan也在记者会上中弹生死未卜一波未平，另一边Sylar已借Claire的血液重获新生，更加黑暗的旅程才刚刚开始... 英雄们将面临抉择，究竟是谁走向了邪恶? Level 5是个什么地方? 人们口中的恶人们又是何人?哪些人沦为了逃亡者--是恶人们四处逃窜还是曾经的英雄只能落得亡命天涯的下场...