本片不以《圣经》为依据，而是以故事为线索展示心灵内在的信仰冲突。当以色列处于罗马统治下的时候，木匠耶稣（威廉·达福 Willem Dafoe 饰）为罗马军队制作十字架，他为冥冥中似乎来自上帝的召唤而困扰。耶稣动身探求真相，于路邂逅起义者犹大（Harvey Keitel 饰）和昔日的朋友妓女抹大拉，他们指责耶稣的懦弱，使其坚定了信仰，越来越多的信徒加入了耶稣的队伍，施洗者约翰指点耶稣前往沙漠。耶稣抵御了诱惑，获得更大的力量，他带人围攻耶路撒冷神殿，令犹大去罗马当局告发自己，在十字架上的耶稣得到天使的信息，他走下十字架，过上了平凡的生活，直到多年以后，耶稣发现了事情的真相，重新回到了自己命运中……
本片根据卡赞察斯基的同名小说改编，自从1983年斯科塞斯第一次筹划将本片搬上银幕，宗教团体的反对声便喧嚣尘上，致使拍片计划一再拖延。

丹妮（佛罗伦斯·珀 Florence Pugh 饰）的姐姐因为精神疾病而自杀，在死的时候还顺带着杀死了他们的双亲。这巨大的打击令丹妮患上了抑郁症。克里斯蒂安（杰克·莱诺 Jack Reynor 饰）是丹妮的男友，实际上，他早就决定和丹妮分手了，可是悲剧的发生和丹妮糟糕的状况让他不得不将自己的分手计划无限期的延后。
克里斯蒂安和同学佩勒（维尔赫尔姆·布洛姆根 Vilhelm Blomgren 饰）、马克（威尔·保尔特 Will Poulter 饰）、乔什（威廉·杰克森·哈珀 William Jackson Harper 饰）决定一起前往佩勒的故乡——一座位于瑞典的偏僻小村庄，那里古老的文化和祭祀活动将成为他们毕业论文的题材，在克里斯蒂安的邀请下，丹妮也加入了这趟旅途。

申爱（全度妍饰）带着儿子来到亡夫的故乡——小城密阳。她在那里开了一家钢琴学院，希望和儿子寻找一段崭新的人生，让儿子在亡夫小时候成长的地方成长，感受密阳的阳光和人情。然而车在半路抛锚，幸遇宗灿（宋康昊饰）前来相助，他是名汽车修理厂的老板，平凡的他热心地帮申爱找房子、拉拢客户，定制奖牌，然而这过分的热情让申爱感到不安，只得坦白告诉他不要打自己主意。一天灾难不幸降临到申爱和儿子身上，她几乎丧失了继续生存的勇气，直到宗教给了她精神救助。然而，信教之后的心灵也没能平静多久。申爱很快又陷入自我矛盾的分裂中，转而不信任它并报复性地攻击。在整个过程中，只有宗灿一直陪伴在她身边，直到申爱重见一缕阳光。

他（哈维尔·巴登 Javier Bardem 饰）是一名作家，却遭遇了职业瓶颈期，一个字都写不出来。她（詹妮弗·劳伦斯 Jennifer Lawrence 饰）是一名主妇，每天忙于将两人的安乐窝修缮一新。一天，一个男人（艾德·哈里斯 Ed Harris 饰）敲响家门，这个男人是作家的超级粉丝，接着，男人的妻子（米歇尔·菲佛 Michelle Pfeiffer 饰）也登门拜访，这两人在家中随意穿梭肆意的打听着男女主人的隐私，这让她感到十分不快。
尽管她三番五次的想要将这对粗鲁的夫妇请出门外，可他却对两人的拜访展现出了由衷的热情。之后，男人和女人的两个儿子也闯入家中，一场争执最终演变成为了流血事件。崩溃的她此时并不知道，这一流血事件仅仅只是失控和崩坏的开始。

《沉默》改编自著名日本作家远藤周作的同名小说。故事发生在德川幕府时代禁教令下长崎附近的小村子，一个葡萄牙耶稣会的教士偷渡到日本传教，并调查恩师因遭受「穴吊」酷刑而宣誓弃教一事，因为这事在当时欧洲人的眼中，不只是个人的挫折，同时也是整个欧洲信仰、思想的耻辱和失败。在传教与寻访的过程中，信仰与反叛、圣洁与背德、强权与卑微、受难与恐惧、坚贞与隐忍、挣扎与超脱……所有的两难情境都面临了，逼迫着他对基督的信仰进行更深层且更现实的思索，最终，他彷佛也走过一趟恩师的心路历程，拥有自己对信仰的诠释与实践。