西元2000年發生了一場被稱為第二次衝擊的前所未有的大浩劫，南極落下一顆大質量的隕石，造成海平面上升、天災四起、經濟崩壞、民族紛爭、內戰……地球上的人口由五十餘億銳減為二十餘億﹔西元2015年在全球復興之際，人類漸漸從毀滅中站起來但新的危機又來了！來路不明的「使徒」，一種巨大的戰鬥兵器群大舉來襲，為了對抗他們，人類開發了「汎用人形決戰兵器EVANGELION」。西元2015年，初號機開發完成，在此也選出3位少男少女做為「EVANGELION」的駕駛員，人類未來的希望就落在這三個人的身上，故事也就從此刻開始…由於版權移轉，台灣角川將重新發行本作的中文版第1-6集。