被选召的孩子们首次接触数码世界的6年后。 2005年的一天，东京港区海面上的波浪在朝阳下摇曳。 17岁的高中生八神太一，如常地用手按停眼前的闹钟，踢开混乱的被铺，低声滴咕下伸展四肢。拉开了窗帘，光线照到桌上一幅“那一天”的集体照上。随后他骑上自行车出门，奔向那片初夏的青空。 不久，古加兽出现在人类世界，并开始进行破坏。亚古兽重新出现，并和伙伴们战胜了3只古加兽。原来数码世界的数码兽被感染，在人类世界寻找望月芽心和她的数码兽。 现在，冒险再一次进化。

太一等人因为狮子兽的死产生了动摇，而光子郎则提议找出缅因猫兽被感染的真相。但作为缅因猫兽主人的芽心却想不到为何缅因猫兽会被感染。
为了防止其他数码宝贝被感染，光子郎在办公室建立了隔离区，然而巴达兽却已经出现了被感染的征兆……此时，数码宝贝们告知了大家一个有关数码宝贝世界的重大秘密。面对秘密的真相以及再度出现的缅因猫兽，太一等人陷入了苦恼当中，而在各自的想法碰撞中，他们也做出了自己的决断……“如果总是想着总有一天会怎么样的话，那么就不知不觉要成为大人了哦。”现在，冒险再度进化。

奥尔法兽事件过后，随着时间流逝，御台场地区也渐渐复兴著。
“回到日本之后，我就决定一定要去大大的澡堂泡澡！”因为美美这句话，加上为了欢迎新加入的伙伴芽心和缅因猫兽，大家前往附近的温泉主题公园。虽然度过了一段开心的时光，但是这儿并没有阿丈的身影。
面对高考临近的事实，他在高考和“被选召的孩子们”的使命之间产生了烦恼。“为什么又必须是我们去面对啊？”
这个时候，在御台场再度出现了感染的数码宝贝、这是拥有着高傲灵魂的奥加兽。而看着电视中奥加兽的暴走，美美和巴鲁兽决定出击。“必须要让人们知道，也有好的数码宝贝！”
然而，美美和巴鲁兽无视光子郎而参与的战斗，却造成了意想不到的结果。各自怀揣烦恼的阿丈与美美。在月岛综合高中文化祭当天，一个男人出现在了他们面前。
如今，冒险再度进化……

缅因猫兽的暴走，以及由此引发的重启。
留下苦恼的芽心，太一等人前往数码世界。
重逢的搭档数码宝贝们，失去了至今为止的全部记忆。
即使如此也为了再次筑起羁绊，而伸出手去的被选召的孩子们，与回应此的数码宝贝们。
但，唯有比丘兽即使进化为成长期，也依然表现出警戒……
“所以说过去的事情我不知道啦！”
面对比起自己更加优先关心他人的空的好意，比丘兽反而抱持着不信任感。
对于因受伤而久久伫立的空，太一和大和找不到能对她说的话语。
接下来，应该在数码世界做些什么才好——
在商谈此事的众人面前，缅因猫兽突然现身，之后又消失了。他不知为何残留着原先的记忆，寻找着芽心，含泪彷徨着——
看到这副景象，孩子们为了拯救缅因猫兽而对数码世界之旅下定了决心。但，他们的面前却出现了那个驱使黑暗四天王的男人的身影。
此时，现实世界的西岛收到了姬川失踪的报告。
调查此事的他，查出了姬川至今为止的行动背后隐藏着某个目的。
此事还关联着决定了两人命运的过去的某件事……

世界的崩溃开始了。
暴走的大缅因猫兽吸收了黑暗进化的迪路兽、
用强大的力量进化成了秩序兽。
根据世界树的想法，现实世界将被数码世界所吞噬。
在绝望迫近的时候，被选中的孩子们拼命地向前。
现在太一不在了，能代替他带队的只有大 和。
「为了拯救世界，我们还有必须要做的事情！」
加布兽的话给大和带来了活力，而亚古兽则坚信太一定会回来。
另一方面，恒常性要处置失去控制的秩序兽、
并尝试施行干涉现实世界的最终计划。
为了阻止毁灭的到来，被选召的孩子们和他们的搭档拼命地战斗。
「所有的光芒，都汇聚在了缅因猫兽…」
绝望的迪路兽向大家说到。
孩子们做出最后决定的时候到了。
被选中的孩子们，自己将选择怎样的未来？
现在，冒险将再一次进化。