看到搭档望月芽心被有着玄内样貌的神秘男人所伤，
缅因猫兽再度开始暴走。
“不能让你诞生在世上…”
从现实世界消失的缅因猫兽，正是歪曲本身。是拥有过于巨大力量的，毁灭世界的钥匙——
西岛大吾以及出现在望月博士之处的黑客兽，逐渐解明真相。
保证世界调和的恒常性将现在变得过于强大的缅因猫兽视为危险，而要将其切除。
随着暴走的缅因猫兽的出现，现实世界开始进入毁灭前的倒计时。
其所波及的地点接连发生异变。因歪曲而现身的数码宝贝们，等待着那一时刻的来临——
被选召的孩子们，受到异常的数码世界排斥，返回现实世界，
却因为与搭档数码宝贝在一起而遭到人们的追赶。众人陷入孤立无援却仍然拼命地寻求对策，与此同时芽心独自一人持续烦恼着。
同伴和数码宝贝的声音，都传达不到因背负过大的负担而遭受打击的她心中…
之后，残酷的命运，甚至逼近了灵魂比任何人都率直纤细的八神光身边——

1999年，由于数码世界资料异常增生，导致数码世界和现实世界的连接发生紊乱。地球上相应地出现奇怪的自然现象：东南亚没有下雨，池塘全部干涸；中东却因为连场大雨发生洪水；美国则遇到有史以来最寒冷的冬天。
11岁的少年八神太一（藤田淑子 配音），和伙伴石田大和（风间勇刀 配音）、武之内空（水谷优子 配音）、泉光子郎（天神有海 配音）、太刀川美美（前田爱 配音）、城户丈（菊池正美 配音）、高石武（小西寛子 配音）一起参加了夏令营，一次意外却被神秘地送到了一个多彩的数码世界。在那里，他们得到了叫做“数码宝贝”的搭档。进入数码世界后，八神太一一行人遇到了凶恶的怪兽贝壳兽，眼看大家都要被抓住的时候，太一的亚古兽忽然进化成为暴龙兽，拯救了他们。进化到底是怎么回事情？数码世界究竟是什么？无数的谜团出现在被召选的小朋友们面前，精彩的冒险就这样开始了……