小男孩尼克（胡里奥·博希加斯 Julio Bohigas-Couto 饰）在一个风雨交加的夜晚目睹了邻居安吉尔（哈维尔·古铁雷斯 Javier Gutiérrez 饰）杀害自己妻子的场面。在和安吉尔的追逐之中，一辆车将尼克撞倒，导致了他的死亡。一晃眼多年过去，薇拉（阿德丽安娜·尤加特 Adriana Ugarte 饰）和丈夫大卫（阿尔瓦罗·莫奇 Álvaro Morte 饰）带着他们的女儿住进了尼克曾经居住过的房子。
有一个电闪雷鸣的夜晚，薇拉意外的在电视里看到了尼克，让薇拉感到震惊的是，自己似乎能够通过电视和25年前的尼克对话。在薇拉的告诫之下，尼克免于一死，但过去的改变也牵连着薇拉的生活发生了巨变。大卫不再是薇拉的丈夫，而他们的女儿自然也不复存在。

乌克兰基辅国家歌剧院，一伙蒙面歹徒突然闯入演出大厅，挟持在场数百名音乐家和观众。未过多久，乌克兰特警部队迅速赶到，并按照既定战术突入进去。与此同时，几名神秘之人换上特警部队肩章，趁乱潜入歌剧院，救出被困的美国大使。神秘人之一的男主（约翰·大卫·华盛顿 John David Washington 饰）虽然一度顺利完成任务，却身不由己置身死地。当他再度醒来，则被告知失去原有身份，此后将加入一个名为“信条”的秘密组织，去执行一项阻止世界毁灭的重大任务。早在歌剧院时，他便见识了一次逆转子弹的奇怪现象。而如今着手的任务，似乎正与逆转的子弹乃至逆转的时间息息相关。注定发生的必然会发生，所种何因，便结何果……

该剧主要围绕于愤世嫉俗的疯狂科学家瑞克·桑切斯和他容易受挫折的外孙莫蒂·史密斯在自己的生活和其他异空间穿梭的奇妙冒险。

在第三季也是最终季中，《暗黑》突破时空的概念，得出了令人意外的结局。来到新世界后，乔纳斯试图弄明白这一个温登小镇对于他自己的命运有何意义，而留在另一个世界的人们试图打破扭曲时空的循环。两个世界，光明与黑暗。中间穿插着史诗般的悲情故事。