在一个风和日丽的日子，草帽海贼团正悠闲地在海上航行。突然，天空中出现一个漂浮的小岛，娜美及时通知各位规避即将到来的龙卷风，她的能力引起了小岛上海贼的注意。这个海贼首领非同寻常，他名叫金狮子史基，在大海贼时代到来前曾和哥鲁德•罗杰拼杀争霸。罗杰被俘后，史基也被投入海底监狱，但他却斩断双脚逃亡，并决心向东海展开复仇。史基意欲拉娜美入伙，双方不可避免发生纷争，经过一波三折，娜美最终落入史基手中。为了救出伙伴，并阻止东海毁灭计划，草帽海贼团将和史上最强大的敌人展开对决……
本片根据尾田荣一郎同名原著改编，系《海贼王》的第十部剧场版动画，尾田荣一郎亲自担任制作总指挥。

沙漠之国阿拉巴斯坦，虽然当地气候恶劣，但是国王寇布拉爱民如子，为了将国家建设成美丽的绿洲始终和百姓不懈努力。然而就在两年前，奇怪的现象离间了国王和百姓的关系。因为容易引起纷争，世界各国已严禁使用名为Dance Powder的降雨粉。但是阿拉巴斯坦曾大量购入Dance Power，在此之后，除国王所居住的阿鲁巴纳降雨正常外，该国其他区域全部为干旱所统治。一些民众认为寇布拉为己牟利，在克罗克塔尔的煽动下，反叛军揭竿而起，国家危在旦夕。
寇布拉的女儿微微公主逃离国家，与路飞等人结伴而行。他们偶然遇见了会变换各种容貌的孟德勒，从而得知克罗克塔尔的阴谋。海盗团扬帆起航，向阿拉巴斯坦进军，一场沙漠大冒险就此展开……

在前往新世界的路上，草帽海贼团的各位悠哉游哉，举行了盛大豪华的时装秀。而就在此时，他们遭到比利奇准将所率领的海军的袭击，借着约瑟芬大炮的威力，草帽海贼团的船飞到了一座未知的小岛——手之岛。该岛形状像一只摊开的手掌，并且上面云集了来自全世界的能工巧匠。他们所制作出的手工艺品得到路飞、乌索普、布鲁克等人大为欣赏，但是手工艺品却十分短缺。因为这里的壮丁都被比利奇准将拉去修建海军基地，饱受压迫。路飞意外邂逅了雕蜡工匠杰高，既勾起了他童年的记忆，也知晓了手之岛的往事。比利奇准将不断膨胀的野心，必将为这座小岛带来一场前所未有的暴风雨……
本片为剧场版海贼王Z放映纪念特别篇。