故事发生在昭和49年的东京。在东京都的丰岛区千里，居住着94岁高龄的画家熊谷守一（山崎努 饰）。熊谷守一和妻子秀子（树木希林 饰）拥有一个温馨的家，一条门廊，一片小院。每一天，熊谷守一都能够从自家院子的自然里感受到生命与季节和时间的变迁，这个院子里的一切就是他的生命。他和妻子都做已经参透了生活的奥义——生命的意义并非是钱可以买来的。可是，这样的院子旁边即将盖起一栋高耸入云的公寓大楼，大楼的影子将投射到他家的院子里，这也就意味着在那里的生命都将失去阳光……

小月的母亲生病住院了，父亲带着她与四岁的妹妹小梅到乡间的居住。她们对那里的环境都感到十分新奇，也发现了很多有趣的事情。她们遇到了很多小精灵，她们来到属于她们的环境中，看到了她们世界中很多的奇怪事物，更与一只大大胖胖的龙猫成为了朋友。龙猫与小精灵们利用他们的神奇力量，为小月与妹妹带来了很多神奇的景观，令她们大开眼界。
妹妹小梅常常挂念生病中的母亲，嚷着要姐姐带着她去看母亲，但小月拒绝了。小梅竟然自己前往，不料途中迷路了，小月只好寻找她的龙猫及小精灵朋友们帮助。

这是一部真实反映企鹅生活的电影。南极大陆的北部气候温和，食物充足；而南部则终年覆雪、气候寒冷，食物短缺。但南部也有其好处，那就是这里生态稳定，没有天敌的追击。为了让企鹅宝宝健康成长，企鹅爸爸妈妈每年都会从北部来到南部孵化小企鹅蛋。
企鹅爸爸和企鹅妈妈轮流进行孵蛋工作，另 一方则不远万里去找寻食物。途中的艰辛任何人都难以承受，而柔弱的企鹅们则每年都这样往复进行着这项艰辛的任务。
影片所展现的顽强的生命力发人深省。