三名大陆赴港的毛贼在白天抢劫金铺后，遇上巡警慌张逃亡，其中一人逃入另一帮被警方通缉多时并配备有强大火力的大陆悍匪躲藏的大厦，紧接着，警方重案组的命运被这两帮歹徒意外牵连，当他们以为成功打死悍匪可以放松庆祝时，又碰上那两个漏网的毛贼，一轮混战后，事情顿时变得非常突然。
而与警匪交战主干线并行发展的爱情线来得也非常突然。重案组干将钟健（任达华）和李森（刘青云）在办金铺劫案时巧遇以前认识的茶餐厅老板，就她的芳心到底属谁，众人猜测一番后得到吃惊答案。

　　马昊天（刘青云 饰）、 苏建秋（古天乐 饰） 和张子伟（张家辉 饰）是从小一起长大的好兄弟，三人长大后都为警队扫毒科效力。为扫除国际毒贩，阿秋抛家舍业在贩毒集团里做卧底已有时日，迟迟不能过正常人生活，让他极为烦躁心情低落，大哥兼上司阿天和探员兄弟子伟常常劝解，“捉住最后一个大毒枭他就能归队”！ 　　然而，事情在最后一刻还是没有转机，警队高层要阿秋继续跟进，放长线钓大鱼，阿秋深感不满和挫败。最后说定，三兄弟一起赴泰国抓捕最大毒枭八面佛（卢海鹏 饰），帮阿秋解脱。未想，八面佛动用军队袭击警察，危急时刻要阿天在阿秋和子伟两兄弟中选择一个带走，另一个只能被推进池塘喂鳄鱼。阿天进退两难，手心手背，然而他做的决定却已经注定了这场“扫毒”行动得代价，被放弃的是否能够死里逃生，被留下的是否会感恩戴德，做选择的又能否心安理得？天地之大谁能做到不问恩仇！

情报科窃听小组三兄弟情同手足，梁俊义（刘青云 饰）正直而又懦弱，在个人感情问题上托泥带水；杨真（古天乐 饰）家境窘困，不仅要应付身患白血病儿子的随时可能出现的突发情况，而且自己也病入膏肓，命不久矣；林一祥（吴彦祖 饰）年轻有为，满怀雄心，如今又“嫁入豪门”，前途不可限量。
三兄弟在负责调查上市公司“风华国际”涉嫌内幕交易案起始，通力合作，出色的完成了布置各种偷听及监视仪器的工作。在继续的监听过程中意外获得一则情报，巨额利润诱惑之下，三人遂起贪念，在风起云涌的股市大赚一笔。事后三人又恐事情败露，利用职务之便销毁罪证。
正当三人以为这件事平息之际，却不曾想风云再起，一只意想不到的黑手往他们袭来，三人陷入劫境，连遭杀戮，最终悲情收场。
“三大型男”挑战极限，两大班底（《无间道》、《门徒》）共同打造，一段悲情感人至深。