故事发生在一艘名为“契约”的殖民太空船之上，飞船上搭载了两千名进入沉睡的殖民者，他们的目的地是遥远的欧米伽六号行星，希望能够在那里建立新的家园。一场意外的发生令契约号的能量收集帆遭到了破坏，船长布兰森（詹姆斯·弗兰科 James Franco 饰）亦不幸身亡。作为代理船长的欧朗（比利·克鲁德普 Billy Crudup 饰）带领着惊恐而又悲伤的船员们降落到了一颗未知的神秘星球上。
在这里，他们遇见了仿生人大卫（迈克尔·法斯宾德 Michael Fassbender 饰），大卫热情的接纳了人类的到来，并讲述了他和已故的肖博士（劳米·拉佩斯 Noomi Rapace 饰）在这里生活的经历。就在大卫渐渐赢得了船员们的信任的同时，大家已经一步一步的走入了前者为他们精心打造的地狱之中。

21世纪末，人类的科技水平已高度发达，克隆人技术和宇宙航行早已实现，不再是梦想。与此同时，许多科学家仍孜孜不倦追索着人类起源的秘密与真相。通过对许多古老文明的考察与对比，科学家伊丽莎白·肖（Noomi Rapace 饰）和查理·赫洛维（Logan Marshall-Green 饰）发现，人类可能是来自一个遥远星系的外星人创造的。在Weyland公司资助下，他们乘坐维克丝（查理兹·塞隆 Charlize Theron 饰）所掌管的宇宙飞船普罗米修斯号前往那颗未知的星球。
经过对当地的考察，地球人的设想成功得到印证。可是他们贸然探查“神的秘密”的行为，也将自己引入万劫不复的深渊……

静静的宇宙，一艘名叫“贝蒂”的太空船正在飞向“御夫座”星球。船上躺着数十个被麻醉冻僵了的地球人，他们全然不知即将到来的灾难。原来，丧尽天良的军方和商人将这些人诱拐过来，要送到“御夫座”上孵化异形女皇两百年前生下的蛋。
雷普莉（西格妮•韦弗 Sigourney Weaver 饰）已成为了异形女皇生下的转世为人的异形人。她的基因里带上了异形的基因，变得特别强壮、忽明忽暗，成了“双面人”。“贝蒂”上有个叫考尔（维诺娜•赖德 Winona Ryder 饰）的年轻女人，正在设法破坏孵化异形蛋计划。当“贝蒂”来到“御夫座”，意想不到的情形发生了！

经过长时间的飞行，蕾普莉（西格妮•韦弗 Sigourney Weaver　饰）搭乘的飞船并没有飞回地球！飞船返航途中发生意外，低温休眠舱在母船爆炸前脱离主船，掉进了一个黑暗、寒冷的星球。除了残存的主教外，只有蕾普莉一人生还。
这里是地球的一个外星废弃矿井，现在成了一个管制危险犯人的监狱。蕾普莉在医生的救助下恢复了健康。随着蕾普莉的到来，这里的犯人开始一个一个被神秘杀害。当局以为是犯人内部的犯罪，然而蕾普莉隐隐知道没这么简单。
当她找出主教的残体连接上电脑查看飞行记录后，证实了她的想法：异形来了。

蕾普莉（西格妮•韦弗 Sigourney Weaver　饰）是首次探险任务遇到异形后的唯一生还者，她一直冬眠直到被救援队救回地球。当她睁开眼睛后，才发现自己已经冬眠了57年！
期间，人类已经移居到了异形所在的星球。蕾普莉知道后，马上向当局报局该星球上异形的情况，但却被当局认为要么精神不正常，要么谎话连篇。蕾普莉见当局对她的说话不予理睬，便决心不再涉足和异形有关的任何事。
果不其然，在那个异形所在的那个星球上定居的人忽然和地球中断了联系。这时当局才注意到蕾普莉之前汇报的情况，决定派出军队去营救。蕾普莉被说服参与营救行动。
又一场腥风血雨的战斗展开了！

未来的世界，人类已能轻松穿梭于星际之间，在太空中展开商业活动。“诺斯特罗莫”是在太空活动的众多星际商业运输船之一。一次，它完成任务满载太空矿石返航地球时，突然收到了一组奇怪的信号，由于这可能是求救信号，飞船接到指令前往信号源地进行搜救。经过一段飞行后，飞船终于抵达信号源发出的地方。船员们发现此处果然有一艘坠毁的飞船，只是，经过一番搜索，他们发现该船的船员们都早已死亡，化为化石。此时，留在“诺斯特罗莫”号的第三指挥官蕾普莉已经破译出该信号并不是求救信号，而是警告信号！队员的生死搏斗开始了！