香港警察李忠志（古天乐 饰）得知女儿芝（陈汉娜 饰）于泰国旅游间莫名失踪，即亲赴泰国报警求助。负责案件的华人探员崔杰（吴樾 饰），应允让他一同调查，却想不到李忠志利用媒体呼吁市民提供线索。 一条意外拍下芝被捉走的片段上载至警方网站，却被神秘删除。崔杰即连同好友兼同袍Tak（托尼·贾 饰）同赴寻找片主，却遇神秘人马截足灭证，狭路相逢，展开追截并与之搏斗。李忠志与崔杰两人逐步调查，却发现案中有案，并开始意识凶手背后神秘势力非他们能对付……

倒卖人体器官集团的主脑洪文刚（古天乐 饰）罹患严重心脏病，为了活命他甚至计划摘取亲弟弟洪文标（恭硕良 饰）的心。为了完成卧底工作不惜身染毒瘾的志杰（吴京 饰）随老大去码头劫持试图逃跑的洪文标，他的上司见叔叔陈国华（任达华 饰）接到线报后也率队赶往现场，三方随即展开了激烈 的交火。侥幸逃生的志杰被送到泰国一所监狱，而掌控这里的狱头（张晋 饰）则与洪文刚有着千丝万缕的联系。女儿罹患血癌的狱警阿猜（托尼•贾 饰）对志杰的真实身份生出许多疑惑，而之后他无意中发现了监狱里的可怕秘密。
为了营救侄子，陈国华不远万里追到泰国。而洪文刚仍在做着垂死挣扎，他最终陷入癫狂……

重案组沙展马军（甄子丹 饰）致力抓拿犯罪分子，身手不凡的他由于抓贼心切常常出手过重。警方一直搜集越南帮兄弟阿渣（吕良伟 饰）、Tony（邹兆龙 饰）、阿虎（行宇 饰）的犯罪证据，于是派出了华生（古天乐 饰）以卧底的身份潜入他们之间。三兄弟为人心狠手辣，想铲除掉眼中钉阿山。阿渣被抓后，Tony也识破了华生的真实身份，要将华生以及其他证人通通杀掉，救出大哥。华生女友秋堤（范冰冰 饰）被挟持，华生不得不放弃指证阿渣。华生与女友都抓走当人质，马军也带着阿渣去营救华生。

刘国忠（任达华 饰）是一个身患绝症的警察，他的前途暗淡无光，他接到任务要保护一个证人的女儿。督察马军（甄子丹 饰）是身手了得的武术家，一心要接替忠的位置。忠派去黑道大哥宝爷（洪金宝 饰）身边的卧底意外死亡，原因不明，忠怀疑是宝爷所为。于是把宝爷押送到警局盘问，苦于没有证 据，忠迫不得已开始捏造证据控告宝爷，全警局都深谙此道，只有军蒙在鼓里。
然而，证据神秘消失，宝爷走出警局时，扬言要杀掉忠的所有手下，果然他身边的冷血杀手Jack（吴京 饰）干掉了忠一帮下属，马军意外发现，忠的下属和宝爷之间原来还另有恩怨，马军怒火中烧，决定与宝爷和Jack决一死战。