百年战争，世事颠倒，人心糜烂，贪欲横行。各国之间兼并攻伐，血流成河。名叫格斯的男子（岩永洋昭 配音）凭藉一己之力在佣兵中打出名号，也引起另一个强大男人的观注。不久，他遭遇了令人闻风丧胆的佣兵部队“鹰之团”及其具有超凡魅力和实力的领导者统治者格里菲斯（樱井孝宏 配音）。格斯在挑战格里菲斯的战斗中败北，此后加入鹰之团，成为其中最为骁勇的战将。在连番激烈的战斗中，他与战友建立起坚不可摧的友情，更得到格里菲斯的赏识，后者甚至不顾自己的安全拯救被恶魔佐德折磨的格斯。但随着鹰之团成为米特兰王国的正规军，以及格里菲斯被封为贵族，淳朴的战友之情开始蒙上阴谋的鬼影……
本片根据漫画家三浦健太郎的同名原作改编，为“黄金时代”三部曲第一部，其他两部为《多尔多雷攻略》、《降临》。

漆黑的夜晚，一名间谍悄然潜入日本警方某机构，盗走了记载着各国谍报机构重要数据的绝密文件的绝密数据。日本警方和FBI探员赤井秀一（池田秀一 配音）旋即与间谍展开追逐。最后，逃亡者的车辆坠落悬崖。第二天，柯南（高山南 配音）和伙伴们来到东都水族馆观光，结果发现一名受伤的美丽女子（天海佑希 配音）。该女子处于失忆状态，身上的手机也破损无法使用。柯南等人答应要帮她恢复记忆，当他们七嘴八舌之际，藏在暗处的黑衣组织成员贝尔摩德（小山茉美 配音）冷冷地注视着这一切。在相处过程中，女子非凡的身手和奇怪的言行举止让灰原哀（林原惠美 配音）对其真实身份产生怀疑。
刚刚还一派祥和的水族馆，沉浸在快乐之中的人们，根本会想到随着那名神秘女子技艺的恢复，自己马上就要被卷入黑暗组织的杀戮和混乱之中……

故事发生在日本的江户时代，一名神秘的男子出现在了武士桂小太郎（石田彰 配音）的面前，他手握妖刀“红樱”，要求试刀，这个夜晚之后，桂便下落不明。桂的宠物伊丽莎白（高松信司 配音）找到万事屋的神乐（钉宫理惠 配音）和新八（坂口大助 配音），委托他们寻找主人的下落。同时，银时（杉田智和）也受到委托，寻找四处作恶的红樱的下落。三人的线索汇聚到了一艘空中飞艇上，由于远离警察的管辖范围，飞艇里的恶势力一手遮天。在那里，银时遇见了曾经的战友现在的对手高杉晋助（子安武人 配音），高杉正带领着自己的鬼兵队企图毁灭江户。一面是穷凶极恶的恐怖分子，一边是暴虐嗜血的妖刀红樱，身受重伤的银时能够平安脱险拯救江户吗？
此次剧场版重制了《银魂》动画中的《红樱篇》，其中，在原作中未出场的真选组也将在故事中大显身手。

经历漫长的战争之后便是极速成长的新时代。为准备中忍考试，佐助的女儿宇智波佐良娜，优秀下忍三月，以及漩涡慕留人三人，在村子里的练习场进行着各种练习修行。
第一次考试是考验智力，二次考试团则是队合作。不断突破难关的慕留人他们，终于在第三次考试的个人战格斗场在五影的见证下与鹿丸的儿子对阵。
而正在这时扭曲空间的大爆炸袭来，出现自称大筒木桃式和大筒木金式的二人组，操纵着寄生在双手里的写轮眼的他们一心想要夺取鸣人的性命，最终鸣人被他们带走。
第一次知道父亲走过的路，以及明白了对父亲的思念的慕留人，将他那幼小的身影与幼时的鸣人重叠的佐助和五影一起，进入有敌人等待的异空间，向敌人发起了有着必死决心的挑战。