厄崔迪家族被帕迪沙皇帝和哈克南人联手灭族后，保罗·厄崔迪（提莫西·查拉梅 饰）在厄拉科斯的沙漠中遇到了预言中自己的灵魂伴侣，弗雷曼女战士契妮（赞达亚 饰）。母子二人经过一系列致命的考验后，保罗的母亲杰西卡夫人（丽贝卡·弗格森 饰）成为弗雷曼人新的圣母，保罗则以穆阿迪布之名加入弗雷曼人，并让厄拉科斯上所有的弗雷曼族群相信自己就是预言中的天外之音，传说中的救世主。一次行动中，保罗意外遇到奇迹般生还的哥尼（乔什·布洛林 饰），并在哥尼的带领下找到了厄崔迪家族留下的核弹。在沙暴的掩护下，保罗率领弗瑞曼人发动奇袭，用核弹炸开了阻挡沙暴的山壁。义军骑著沙虫攻入皇帝的行营，消灭了皇帝和哈克南人的大半军队。男爵在皇帝行营被保罗杀死，而男爵的侄子菲德-罗萨·哈克南（奥斯汀·巴特勒 饰）则代替皇帝接受了保罗的单挑，最终保罗赢下决斗成功继承帝位，并承诺迎娶皇帝的女儿伊若琅公主（弗洛伦丝·皮尤 饰）为名份上的妻子。目睹这一切的契妮无法接受保罗的变化和选择，愤而离席，留下的保罗则面临着一生所爱与宇宙命运的两难选择。

2021年，随着超光速航行技术的实现，人类得以在太阳系范围内方便的自由移动，但是由于设计上的失误，这种技术引发了月球的爆炸，无数的月球碎片被吸引向地球，造成了空前绝后的大灾难。存活下来的人类逃离地球，并开始在太阳系各地建立家园。由于这次灾难，国家、政府等权利机构都极为不稳定、治安问题也成为了一个难题。为了在人力资源不足的情况下抓捕罪犯，有些组织开始允许个人抓捕通缉的罪犯并换取奖金，“赏金猎人”这个职业也就由此诞生了。
史派克（Spike）和杰特（Jet）是驾驶飞船Bebop号在宇宙中以捉拿逃犯获取奖金为生的赏金猎人。两人在星际间的旅程中，结识了身负巨债、嗜财如命的美女菲（Faye）和电脑神童艾德（Ed），并收养了拥有高智商的数据狗爱因（Ein）。从此，四人一狗游荡在广阔之宇宙之中，在自己与他人的生活中经历著种种悲欢离合，也寻找著各自的过去。

电影《沙丘》为观众呈现了一段神秘而感人至深的英雄之旅。天赋异禀的少年保罗·厄崔迪（提莫西·查拉梅 饰）被命运指引，为了保卫自己的家族和人民，决心前往浩瀚宇宙间最危险的星球，开启一场惊心动魄的冒险。与此同时，各路势力为了抢夺这颗星球上一种能够释放人类最大潜力的珍贵资源而纷纷加入战场。最终，唯有那些能够战胜内心恐惧的人才能生存下去。