故事背景为日本的江户时代，风是一家小茶馆的侍女，这天茶馆里来了一群地方恶霸，其中地方官儿子龙次郎尤其欺人太甚。风因为意外得罪了龙次郎，情急之下，茶馆内一名无职浪人“无幻”出手救了风。另一方面，地方官正在欺压老百姓，流浪武士“仁”路见不平拔剑相助，杀死了地方官身边的四个“高手”保镖，救下了穷人，因此得罪了地方官。
随后，无幻和仁在茶馆里相遇并交手，忽然一场大火将他们困住，二人随之被捕。因儿子在大火中丧生，恼羞成怒的地方官勒令将二人砍首。砍首之日二人大闹刑场，并且在风的帮助下，从刑场中逃出来了。作为代价，风要求他们一起去寻找一个身上“带着向日葵香味”的武士。从此，三人展开了一场奇幻的旅程。
《混沌武士》由渡边信一郎监督，全片彰显了独特的浮世绘加现代Hip-Hop风格。本动画获选为2004年第八回日本文部省文化厅媒体艺术祭动画部门推荐的作品。

1865年，美国内战结束。但战士的心却无法安宁，在随即而来的大规模西进运动中，刚刚从内战硝烟中幸存下来的白人士兵，又被带到了击杀印第安人的第一线。 上尉纳森.欧格仁在战争中见证了过多的鲜血与暴力，以至于迷失了自己的灵魂；特别是看到上级军官——上校本杰明巴格利屠杀印第安人时，他更感到作为战士的荣誉感消失殆尽。在义勇与牺牲精神被新时代的功利与自私主义代替时，沉浸在往日光荣梦想中的纳森.欧格仁只能整日借酒浇愁。
一个偶然的机会，纳森.欧格仁被推荐给来自大洋对岸的新成立的明治政府代表，去给日本训练第一支现代化军队。消沉的纳森.欧格仁觉得这个工作不错，至少他还可能像个真正的战士一样死在战场上。 纳森.欧格仁所训练的军队第一个要对付的，就是妄图阻挡现代化进程的顽固武士集团。在一场浓雾中的激战后，不仅天皇的现代化军队被击败，连教官艾尔格兰本人也被武士们俘虏。尽管在搏斗中他杀死了围攻他的一名武士，但并没有得到料想中的速死。相反，武士集团首领胜元生擒了他，并派自己的妹妹多香照顾他；而多香的丈夫，正是被纳森.欧格仁杀死的武士……
身处武士及其家属聚居的村落里，纳森.欧格仁竟然发现自己居然不由自主地爱上了武士文化，从武士道的精神与肉体修炼中，他似乎又找到了一个战士应有的荣誉感。同时，在多丽子的悉心照料下，似乎有某种微妙的感情在他们之间产生。然而，历史的车轮是不可逆转的，明治政府自然不会放弃现代化进程，武士与天皇军队之间终有一战。已经为武士道深深着迷的纳森.欧格仁该何去何从？