不知何年，妖界大乱。新妖王对前代势力痛下杀手，更誓要对前妖后腹中的孩子斩尽杀绝。妖后一行躲避追杀来到地处大山深处的永宁村，偏巧遇到捉妖天师霍小岚（白百何 饰）和罗刚（姜武 饰）。一番混乱过后，妖后自知气数将尽，遂将妖蛋放入永宁村保长宋天荫（井柏然 饰）的腹中保存。是夜，小岚所属的天师堂掌门人葛千户（钟汉良 饰）率领手下血洗永宁村，天荫不得已随小岚逃亡。时机成熟，萝卜妖怪胡巴降生人间。在接下来的旅途中，小岚和天荫对彼此的了解不断加深，而胡巴也终于成为他们中间最不可割舍的重要存在。
战争仍在继续，人和妖的界限日渐模糊……

宦官专权的明朝中叶，东厂曹少钦（甄子丹）假造圣旨杀害了忠良杨宇轩，并想斩草除根杀死其后代。侠女邱莫言（林青霞）、江湖义士贺虎等人冒死救出忠良后代后，逃至边关沙漠里的龙门客栈，与杨宇轩部下周淮安（梁家辉）会合。龙门客栈实则黑店，老板娘金镶玉（张曼玉）利用乱世，以美貌和风骚 作诱饵杀人越货聚敛钱财，但她却为英俊潇洒的周淮安动了真心。为了摸清潜藏于龙门客栈中的出关暗道，周淮安将计就计，答应与金镶玉成亲。
洞房花烛夜，楼上的周淮安与金镶玉各怀心事暗中较劲，楼下的邱莫言、贺虎等人也与东厂一众“走狗”展开了明争暗斗，战事一触即发。