巩伟（李连杰 饰）因警察工作的关系，平时不能给予重病的妻子李夏（佘南南 饰）更多照顾，也不能为懂事又武艺高强的儿子巩固（谢苗 饰）提供更多关怀。在妻儿需要他的时候，巩伟接到上级命令，假扮罪犯和香港黑道分子小黑（柯受良 饰）一同逃跑，踏上了卧底香港甫光（于荣光 饰）团伙的旅途。甫光团伙在炸弹交易中黑吃黑，巩伟在混战中救了香港督查方逸华（梅艳芳 饰），并凭借出色身手得到了甫光的信任。方逸华来到北京调查巩伟身份，获知真相，并在巩妻去世后带领巩固至香港寻父。方逸华的上司（刘松仁 饰）无意间暴露了巩伟父子的身份，使他二人身处险境。此刻甫光策划的拍卖抢劫行动亦迫在眉睫……

张翠山（吴镇宇 饰）携妻及子张无忌（李连杰 饰）从孤岛出发赶去给其师父贺百岁大寿的途中，被人暗算，张无忌中寒冰掌。在武当山，张翠山和妻子被各大门派逼迫致死，张无忌也不再能练习武功，只能靠张三丰每日所输真气得以残活。张三丰的举动引来宋青书（邹兆龙 饰）的妒忌，他联合了峨眉女弟子周芷若（黎姿 饰）共同对付张无 忌。明教圣女小昭（邱淑贞 饰）令张无忌改变命运，使其先在断崖上遇到高人治好体内寒冰毒、学会九成“九阳神功”，又在明教禁地练得“乾坤大挪移心法”。得知蒙古郡主赵敏（张敏 饰）设计令江湖六大派围攻光明顶想歼灭明教时，张无忌决意为拯救明教赴汤蹈火。

令狐冲（李连杰饰）在按计划与日月神教的朋友会面后，将和小师妹岳灵珊（李嘉欣饰）等其他华山派师兄弟赴牛背山归隐退出江湖。路途中意外发现练就“葵花宝典”的东方不败（林青霞饰），但令狐冲不认识东方不败，误将对方当成一位美貌女子。后来几次相遇，还一道饮酒吟诗。
在同任盈盈（关之琳饰）、蓝凤凰（袁洁莹饰）会合后，几个月来江湖不平，大事连连。任我行为东方不败所囚禁，他们商量着夺回日月神教，便乔装进入浪人营打探，救出任我行。
另一边华山派弟子惨遭毒手，黑木崖上，令狐冲和一干人都想着报仇，他惊觉眼前人竟是东方不败……