21世纪末，人类的科技水平已高度发达，克隆人技术和宇宙航行早已实现，不再是梦想。与此同时，许多科学家仍孜孜不倦追索着人类起源的秘密与真相。通过对许多古老文明的考察与对比，科学家伊丽莎白·肖（Noomi Rapace 饰）和查理·赫洛维（Logan Marshall-Green 饰）发现，人类可能是来自一个遥远星系的外星人创造的。在Weyland公司资助下，他们乘坐维克丝（查理兹·塞隆 Charlize Theron 饰）所掌管的宇宙飞船普罗米修斯号前往那颗未知的星球。
经过对当地的考察，地球人的设想成功得到印证。可是他们贸然探查“神的秘密”的行为，也将自己引入万劫不复的深渊……

莉娜（娜塔莉·波特曼 Natalie Portman 饰）是一名生物学家，一年前，她的丈夫凯恩（奥斯卡·伊萨克 Oscar Isaac 饰）在参加一项秘密任务后神秘失踪，这一年间，莉娜一直生活在悲伤之中。某天，失忆的凯恩忽然出现在了莉娜的面前，之后晕倒被送入了医院。在那里，莉娜遇见了文崔斯博士（詹妮弗·杰森·李 Jennifer Jason Leigh 饰）。
博士告诉莉娜，凯恩被派往了一块被“闪光”笼罩的未知区域，三年间，无数的队伍被派往区域内进行勘探，只有凯恩一人活着回来了。不仅如此，“闪光”正在不断的扩大。为了查明事情的真相，莉娜自愿加入了下一批被派遣的队伍之中，和她一同前往的，除了文崔斯博士外，还有安雅（吉娜·罗德里格兹 Gina Rodriguez 饰）和乔茜（泰莎·汤普森 Tessa Thompson 饰）。

年轻女子米歇尔（玛丽·伊丽莎白·温斯特德 Mary Elizabeth Winstead 饰）不久前刚和男友发生争吵，她夜晚驾车奔驰在黑暗的公路上，突然遭遇严重车祸昏迷过去。当她再度醒来时，发现自己被绑住手脚，关在一个密闭的空间里。少顷，一个健硕冷峻的男子霍华德（约翰·古德曼 John Goodman 饰）走了进来。军人出身的霍华德声称地球刚刚遭遇可怕的生化危机，地球人几乎灭亡殆尽。他在数年前未雨绸缪修建了这个设备、资源齐全的避难所，只为生存下去。避难所内，除了霍华德、米歇尔外，还有另外一个年轻男子埃米特。米歇尔对霍华德的说辞半信半疑，她坚信自己遭到了变态狂的拘禁。
真相究竟为何？威胁无处不在……

联调局学院学员 Clarice M. Starling（乔迪·福斯特 饰）受行为科学组的 Jack Crawford（斯科特·格伦 饰）指派，前往州立巴尔的摩法医院访问被监禁的精神科医生 Hannibal Lecter（安东尼·霍普金斯 饰）。Lecter要求转到条件较 好的联邦机构，远离常常折磨他的 Frederick Chilton 医生（安东尼·希尔德 饰），并愿意为此提供持续作案的连环杀手水牛比尔（泰德·莱文 饰）的心理分析……