掌控日本国家未来的御前会议上，众要员商议着以猎杀SPEC持有者为目标的“SIMPLE PLAN”，神秘的法蒂玛第三预言亦被提及。数天后，暗中执行猎杀计划的政府成员突然于游艇上全员木乃伊化死亡。案件交由未详系的当麻纱绫（户田惠梨香 饰）和濑文焚流（加濑亮 饰）负责。调查途中两人接到志村美玲（福田沙纪 饰）的求救电话，赶赴救援时与濑文的前同僚兼前恋人青池里子（栗山千明 饰）不期而遇。当麻将美玲带回未详系，原本已经死去的阳太/一十一（神木隆之介 饰）竟从容现身于她们面前。竭力压制着蠢蠢欲动的左手，当麻无力的目睹美玲匆忙留下“一定要阻止法蒂玛第三预言”的信息后被阳太带走。
在阳太的恶意煽动下，普通人类与SPEC持有者间的矛盾日益激化。身处两者夹缝之中，当麻对法蒂玛第三预言和人类未来的走向充满了迷惑。玛利亚、白衣教皇、左手持火之剑的天使……预言中的关键人物们若隐若现，黑暗降临的未来是否终将无法避免？

前人类和普通人类的人种战争已经到了白热化的阶段，野野村组长去世后，吉川（北村一辉 饰）、当麻纱绫（户田惠梨香 饰）和濑文焚流（加濑亮 饰）等人聚在未详总部，苦苦思索J教授的真身。谁知就在当麻刚刚弄清真相的同时，警察医院内的成年和儿童SPEC持有者遭到残忍屠戮。愤怒的当麻无法抑制体内被封印的SPEC，她狂乱暴走，继而现身御前会议。在犹大、世界（向井理 饰）、润（大岛优子 饰）的见证下，法蒂玛第三预言实现了。恐怖刺眼的蘑菇云在上空升起，成千上万的八尺乌遮天蔽日，被欲望所支配与荼毒的世界迎来了毁灭时刻。
在命运的交叉点，当麻和焚流能否阻止世界的灭亡？

《依然年轻的废墟》自幼失去双亲的兄妹飒太（竹原ピストル 饰）和帆波（谷村美月 饰）相依为命。飒太被供职的船厂裁员，除夕之夜，兄妹携手登上山顶守望日出；《抱着猫咪的阿婆》70岁的时婆婆（中里あき 饰）和猫咪格雷相守度日，无论政府如何动员，阿婆也不肯离开充满了回忆的简陋小屋；《黑森林》供职天文馆的中年男子比嘉隆三（小林薫 饰）在妻儿面前没有半点尊严，他希望妻子春代（南果步 饰）能从醉酒欢歌的夜店辞职，却始终欲言又止；《开裂的趾甲》继承了父亲的燃气商店，目黑晴夫（加濑亮 饰）一直不得要领，为此心情烦躁，而他的家中也危机重重；《赤足》电车司机萩谷达一郎意外看见本应在东京的儿子阿博。父子间究竟发生过什么，而让他们身处同一城市却不相见。
本片根据佐藤泰志的同名短篇小说集改编，虚构城市海炭市的原型即作者的家乡函馆。