日本警视厅特殊部队（SIT）小队长濑文焚流（加濑亮 饰），在一次执行任务时遭遇队友的离奇死亡，面对高层他百口莫辩，最终被调职到公安部公安第五课——不明事件调查科。该部门专门调查一些匪夷所思的超自然案件，当然在所谓“科学昌明”的现代化社会，这也意味着第五课是一个很难得到认可的边缘部门。除濑文外，第五课只有油滑的上司野野村光太郎和智商高达201的怪女孩当麻纱绫（户田惠梨香 饰）。在此期间，预言师、神之手等各种各样拥有超能力（SPEC）的人物接连登场。
濑文在和当麻办案的过程中，渐渐趋近了一个鲜为人知且充满阴谋和秘密的未知世界……

在榎本径（大野智 饰）消失后，芹泽豪（佐藤浩市 饰）律师和律界新人青砥纯子（户田惠梨香 饰）的工作与生活又重新回到平凡的轨道中。这天，芹泽出发与委托人藤林仓三洽谈价值10亿日元美术品的捐赠事宜。谁知当他和对方的外甥女冈村郁子（黑木瞳 饰）进入门窗紧闭的别墅时，却发现委托人已经被人用高尔夫球杆杀害。与此同时，正调查一起密室救人事件的纯子意外重逢半年前归国、此刻正经营一家防盗公司的榎本。奇妙的是两起看似不相关的密室案就这样交融在一起。围绕美术品的去留，新的密室杀人案再度发生，疑点重重，真凶何在？
本片根据贵志佑介的同名原作改编，为该电视剧集的SP版。

经过与一十一（神木隆之介 饰）的恶战，濑文焚流（加濑亮 饰）身受重伤，命几不保。在此期间，青池里子（栗山千明 饰）随女儿小润（森山树 饰）悄然离开医院；而各国政要的一次关于简单计划的秘密会议上，自称卑弥呼的日本代表抹杀所有人，他代表SPEC持有者正式向普通人类宣战。世态险恶的当下，濑文急急出院，和当麻纱绫（户田惠梨香 饰）一同调查青池母女的行踪。而野野村组长（龙雷太 饰）则独自行动，查找简单计划病毒疫苗的下落。新的SPEC持有者交替登场，残酷的杀戮却从未停止。关于前人类的秘密昭然若揭，惨烈浩大的人种战争即将拉开序幕……
本片为SPEC系列完结篇的前篇。