早期香港發生多宗駭人命案，引起公眾關注，《香港奇案之二：兇殺》以真人真事改編四個故事：「鬼頭仔」、「大家姐」、「臨村大血案」，與轟動一時的「紙盒藏屍」。編劇團以倪匡為首，扣人心弦的劇情引人入勝。擅長拍驚慄片的導演桂治洪，在「鬼」與「臨」故事中，殺人情節殘酷真實，拍出恐怖片的味道。看完四個兇案故事後，必定不寒而慄。

本片為賣座電影系列《香港奇案》的第三集，分兩個故事，各有不同的幕前及幕後班底。第一個故事「老爺車縱火案」，由于榮及顧冠忠主演，描述無牌色情場所起火，釀成傷亡慘劇，警方疑是縱火案；第二個故事「法網難逃」，由凌雲及王鍾主演，描述一位探長被歹徒殺害，警方懸紅五萬元緝兇……

电影分为两部分。第一部《催花狂人》由桂治洪执导，潘冰嫦及韦弘主演，故事描述林天娜（潘冰嫦饰）之妹遭五个变态虐待狂掳去，林对警探诸多责难，想不到下一个受害者竟是天娜；第二部《庙街皇后》由孙仲执导，刘玲及艾飞主谋故描述少妇陈丽芳（刘慧玲饰）遭其夫卖到庙街妓案后，最后竟摇身一变成为“庙街皇后”。

人迹罕至的野外，人们突然发现了一具死于锐器插头的女童尸体，黄警探（黄锦燊 饰）受命负责此案，各种线索迅速汇集，犯人的身份很快真相大白，原来竟是女童生父林伟（艾飞 饰）亲手用九寸钉杀害了女儿。林伟对罪行供认不讳，但提出自己之所以这样冷血是被人下了降头的缘故。三个月前，林伟随旅行团赴南洋旅游，一心求艳遇的林伟在街上偶遇一位泰国女郎，林伟误会了对方的身份，玩起了感情游戏，轻易付出承诺却无心兑现。结果在两人约定的日子，林伟周围开始发生一系列怪事，先是胸口长出了一团毛发，小女儿的举动也变得怪异，疑心女儿要加害自己的林伟不堪重负，将女儿杀死……
犯下重罪的林伟请求黄警探查明真相，于是后者远赴南洋，进入了降头的神秘领域。

黑道分子陈雄（高飞 饰）也是一名拳场高手，其弟与一名泰拳王交手，不辛被对方贱招暗算致残。陈雄本人也遇上了麻烦：大陆帮派将他诱入埋伏，幸而一红光幻象中的高僧出现，解了陈雄之围。陈雄为了给亲弟报仇，远赴泰国与泰拳王约战，期间陈雄偶然经过一座寺院，恰似红光幻象中的情形。院方僧人竟然早知陈雄身份与来意，原来这里的清照大师（徐锦江 饰）收服了一名降头师，召来其师傅的复仇，清照大师接近修成的金身被破，唯有与清照大师前世为孪生兄弟的陈雄有希望助大师完成金身，清除一众降头师。自此陈雄出家，苦修佛法，与多名降头师展开连串惊心动魄、超出凡人知识的斗法。