世界的崩溃开始了。
暴走的大缅因猫兽吸收了黑暗进化的迪路兽、
用强大的力量进化成了秩序兽。
根据世界树的想法，现实世界将被数码世界所吞噬。
在绝望迫近的时候，被选中的孩子们拼命地向前。
现在太一不在了，能代替他带队的只有大 和。
「为了拯救世界，我们还有必须要做的事情！」
加布兽的话给大和带来了活力，而亚古兽则坚信太一定会回来。
另一方面，恒常性要处置失去控制的秩序兽、
并尝试施行干涉现实世界的最终计划。
为了阻止毁灭的到来，被选召的孩子们和他们的搭档拼命地战斗。
「所有的光芒，都汇聚在了缅因猫兽…」
绝望的迪路兽向大家说到。
孩子们做出最后决定的时候到了。
被选中的孩子们，自己将选择怎样的未来？
现在，冒险将再一次进化。

看到搭档望月芽心被有着玄内样貌的神秘男人所伤，
缅因猫兽再度开始暴走。
“不能让你诞生在世上…”
从现实世界消失的缅因猫兽，正是歪曲本身。是拥有过于巨大力量的，毁灭世界的钥匙——
西岛大吾以及出现在望月博士之处的黑客兽，逐渐解明真相。
保证世界调和的恒常性将现在变得过于强大的缅因猫兽视为危险，而要将其切除。
随着暴走的缅因猫兽的出现，现实世界开始进入毁灭前的倒计时。
其所波及的地点接连发生异变。因歪曲而现身的数码宝贝们，等待着那一时刻的来临——
被选召的孩子们，受到异常的数码世界排斥，返回现实世界，
却因为与搭档数码宝贝在一起而遭到人们的追赶。众人陷入孤立无援却仍然拼命地寻求对策，与此同时芽心独自一人持续烦恼着。
同伴和数码宝贝的声音，都传达不到因背负过大的负担而遭受打击的她心中…
之后，残酷的命运，甚至逼近了灵魂比任何人都率直纤细的八神光身边——

缅因猫兽的暴走，以及由此引发的重启。
留下苦恼的芽心，太一等人前往数码世界。
重逢的搭档数码宝贝们，失去了至今为止的全部记忆。
即使如此也为了再次筑起羁绊，而伸出手去的被选召的孩子们，与回应此的数码宝贝们。
但，唯有比丘兽即使进化为成长期，也依然表现出警戒……
“所以说过去的事情我不知道啦！”
面对比起自己更加优先关心他人的空的好意，比丘兽反而抱持着不信任感。
对于因受伤而久久伫立的空，太一和大和找不到能对她说的话语。
接下来，应该在数码世界做些什么才好——
在商谈此事的众人面前，缅因猫兽突然现身，之后又消失了。他不知为何残留着原先的记忆，寻找着芽心，含泪彷徨着——
看到这副景象，孩子们为了拯救缅因猫兽而对数码世界之旅下定了决心。但，他们的面前却出现了那个驱使黑暗四天王的男人的身影。
此时，现实世界的西岛收到了姬川失踪的报告。
调查此事的他，查出了姬川至今为止的行动背后隐藏着某个目的。
此事还关联着决定了两人命运的过去的某件事……

在网路上，突然出现了一隻数码蛋，这隻蛋破壳后，出生了一隻数码宝贝，它疯狂地吞噬着整个电力网络系统，给电力网络运行造成了重大影响，而且它不断地进化，食量也越来越大。太一在开始的时候和素娜吵架了，阿和和阿武外出了，美美去玩了，阿助……只有光子郎和太一在，阿武和阿和找到了电脑来支援太一，后来那个数码宝贝又一次进化了！这时候，发生了一件意想不到的事情……

三年前，一颗数码蛋从数码世界掉进了现实世界，滚球兽出生了……这与三年后被选召的孩子们的故事有什么联系呢？本故事情节跌荡起伏，滚球兽进化为亚古兽，为了能打败强大的对手鹦鹉兽，它进化为暴龙兽，而另有六个孩子看到了战斗过程，他们就是……

奥尔法兽事件过后，随着时间流逝，御台场地区也渐渐复兴著。
“回到日本之后，我就决定一定要去大大的澡堂泡澡！”因为美美这句话，加上为了欢迎新加入的伙伴芽心和缅因猫兽，大家前往附近的温泉主题公园。虽然度过了一段开心的时光，但是这儿并没有阿丈的身影。
面对高考临近的事实，他在高考和“被选召的孩子们”的使命之间产生了烦恼。“为什么又必须是我们去面对啊？”
这个时候，在御台场再度出现了感染的数码宝贝、这是拥有着高傲灵魂的奥加兽。而看着电视中奥加兽的暴走，美美和巴鲁兽决定出击。“必须要让人们知道，也有好的数码宝贝！”
然而，美美和巴鲁兽无视光子郎而参与的战斗，却造成了意想不到的结果。各自怀揣烦恼的阿丈与美美。在月岛综合高中文化祭当天，一个男人出现在了他们面前。
如今，冒险再度进化……

故事發生在被選召的孩子們首次接觸數碼世界的6年後。2005年的一天，東京港區海面上的波浪在朝陽下搖曳……17歲的高中生八神太一，如常地用手按停眼前的鬧鐘，踢開混亂的被鋪，低聲滴咕下伸展四肢。拉開了窗簾，光線照到桌上一幅「那一天」的集體照上。隨後他在「一路順風，哥哥」的送別聲下，騎上腳踏車出門，奔向那片初夏的青空……現在，冒險再度進化……

1999年，由于数码世界资料异常增生，导致数码世界和现实世界的连接发生紊乱。地球上相应地出现奇怪的自然现象：东南亚没有下雨，池塘全部干涸；中东却因为连场大雨发生洪水；美国则遇到有史以来最寒冷的冬天。
11岁的少年八神太一（藤田淑子 配音），和伙伴石田大和（风间勇刀 配音）、武之内空（水谷优子 配音）、泉光子郎（天神有海 配音）、太刀川美美（前田爱 配音）、城户丈（菊池正美 配音）、高石武（小西寛子 配音）一起参加了夏令营，一次意外却被神秘地送到了一个多彩的数码世界。在那里，他们得到了叫做“数码宝贝”的搭档。进入数码世界后，八神太一一行人遇到了凶恶的怪兽贝壳兽，眼看大家都要被抓住的时候，太一的亚古兽忽然进化成为暴龙兽，拯救了他们。进化到底是怎么回事情？数码世界究竟是什么？无数的谜团出现在被召选的小朋友们面前，精彩的冒险就这样开始了……