静静的宇宙，一艘名叫“贝蒂”的太空船正在飞向“御夫座”星球。船上躺着数十个被麻醉冻僵了的地球人，他们全然不知即将到来的灾难。原来，丧尽天良的军方和商人将这些人诱拐过来，要送到“御夫座”上孵化异形女皇两百年前生下的蛋。
雷普莉（西格妮•韦弗 Sigourney Weaver 饰）已成为了异形女皇生下的转世为人的异形人。她的基因里带上了异形的基因，变得特别强壮、忽明忽暗，成了“双面人”。“贝蒂”上有个叫考尔（维诺娜•赖德 Winona Ryder 饰）的年轻女人，正在设法破坏孵化异形蛋计划。当“贝蒂”来到“御夫座”，意想不到的情形发生了！

高中生瑞科（卡斯帕•凡•迪恩 Casper Van Dien 饰）毕业后，在女友卡门（丹妮丝•理查兹 Denise Richards 饰）的鼓动下，违背了父亲的意志，加入了机械化步兵学院，卡门亦加入了海军学院。
在他们参加训练不久后，地球遭到了来自外星球的昆虫袭击。瑞科的亲人均惨遭杀害，卡门将拍摄到的影像传送给了瑞科。悲愤交加的瑞科率领部下投入到了对抗外星昆虫的战斗中。
然而，军队低估了这些昆虫的实力。在一次遭遇战中，10万军队惨遭杀戮，只剩瑞科、卡门等几人侥幸逃生。瑞科亲眼目睹了恐怖的杀戮场面，意外获知了这些昆虫变得如此聪明、强大的秘密。瑞科意识到必须制造更先进的武器才能对付这些昆虫，人类的反击开始了！

麻省理工学院的数学教授蓝波在席上公布了一道困难的数学题，却被年轻的清洁工威尔（马特·戴蒙 饰）解了出来。可是威尔却是个问题少年，成天和好朋友查克（本·阿弗莱特 饰）等人四处闲逛，打架滋事。当蓝波找到这个天才的时候，他正因为打架袭警被法庭宣判送进看守所。蓝波向法官求情保释，才使他免于牢狱之灾。
蓝波为了让威尔找到自己的人生目标，不浪费他的数学天赋，请了很多心理学专家为威尔做辅导，但是威尔十分抗拒，专家们都束手无策。无计可施之下，蓝波求助于他大学的好友，心理学教授尚恩（罗宾·威廉姆斯 饰），希望能够帮助威尔打开心房。
经过蓝波和尚恩的不懈努力，威尔渐渐敞开心胸，而好友查克的一席话，更是让他豁然开朗。