2029年，公安九课在市容很像香港的日本城市“新港市”中执行各种秘密任务。九课因为不顾正当程序的自作主张、强硬行事，往往与政府其他部门起冲突，例如负责外交的公安六课就与九课不合。另一方面，九课之中的重要人物，全身是义体的机械生化人草薙素子，对于自己的现状一直隐隐感到不满。有一天，公安九课因为一件外国政要的刺杀未遂案而开始追查神秘的黑客“傀儡师”。傀儡师能透过网络入侵人脑，植入虚拟记忆，再利用记忆被窜改的对象来达成目的。虽然九课的追查没有成功，藏有傀儡师的“灵魂”的机械生化人却自行来到九课。公安六课随后赶来将傀儡师绑走。草薙素子因为在事前就推测出六课的绑架行动而成功拦截傀儡师。这时发现原来傀儡师并不是人类，而是公安六课设计来非法操纵人类的电脑程式“2501计划”。2501计划在意外中产生自觉意识，决定逃出六课以求生存，并且要求和草薙素子的灵魂“融合”以求进一步发展。草薙素子最后在同事巴特的协助与掩护下完成融合并且脱离政府掌握，下落不明，其意识与整个网络融合。

天手让叶是名女高中生，在空中的宇宙殖民卫星过着平静的生活。
但在遇到难民少女尼娅安后，她被卷入了非法MS决斗竞技《军团战》之中。她化名《玛秋》参赛，驾驶着GQuuuuuuX，每日投身激烈的战斗。
同时，被宇宙军和警察两方追捕的神秘MS《高达》及其驾驶员──少年修司，出现在她们面前。
接着，世界迎向了新时代。

在校报上连载四格漫画的小学生藤野，意外得知长期“家里蹲”不上学的同学京本也在画漫画，两个性格相反的少女，因为对漫画的热爱而结缘……以残酷怪诞的《电锯人》系列闻名的“疯狂”漫画家藤本树，在短篇漫画《蓦然回首》中施展温柔一刀，短短143页的故事令无数人感动落泪，夺得“这本漫画真厉害！2022”男性部门第一名。本次动画化，让藤本树漫画中经典的电影感分镜，能够真正以电影的形式与观众见面。导演押山清高有动画师的背景，曾为吉卜力电影绘制原画，对于原作主题有着切身感受，他细致而生动地描绘出了画画者的内心世界，并用风格化的着色和笔触为动画增添了不一样的韵味。

艾伦为了毁灭世界，发动了「地鸣」。无数的巨人开始进攻，摧毁一切。米卡莎、阿尔敏、让、康尼、汉吉、莱纳、安妮、皮克，以及身受重伤的利威尔……剩下的人们为了阻止艾伦，展开了最后的战斗。