A.D.1999，由坠落地球的“谜之战舰”（Macross）带来的Over Technology（オーバーテクノロジー），揭示了人类历史和远古文明Proto Culture （プロトカルチャー）之间的丝丝联系。促使人类终止彼此间的战争，一方面面对强大的异星人势力Zentraedi（ゼントラーディ）和Proto Deviln（プロトデビルン），用“文化的力量”寻找生存之道，一方面向着银河系进行移民而寻求新天地。