本剧讲述的是嘉靖与海瑞的故事。嘉靖三十九年，贪墨横行、民不聊生。奸臣严嵩（倪大红 饰）党羽密布、权倾朝野，清官海瑞（黄志忠 饰）不惧强权，敢于向腐朽封建的皇权发起挑战。皇帝朱厚熜（陈宝国 饰）练道修玄二十载，始终把控着大明朝的军政、经济大权。当时的中国经济发达，市井文化也算繁荣，但社会各阶层矛盾突出，国家大面积实施的土地兼并使千百万农民一夜之间失去了赖以生存的土地。严嵩的专权引起了地方各级官员的不满，“倒严”之声甚嚣尘上，从上至下、从里到外，从朝廷到地方官府，到处充斥着尔虞我诈、勾心斗角的血雨腥风。忠臣良将与乱臣贼子纷纷登上了当时的历史舞台......

自永乐夺位的“靖难之役”后开始，先叙述了中国历史上赫赫有名的永乐大帝事迹——挥军北上五征蒙古，派郑和七下西洋，南下讨平安南等等，后来永乐于北伐蒙古归来途中病逝。明朝在经历了比较清明的“仁宣之治”后，开始进入动荡时期。大宦官王振把持朝政胡作非为，导致二十万精兵丧于一旦，幸亏著名忠臣于谦在“土木堡之变”中力挽狂澜，挽救了明帝国，但随即又在两位皇帝争夺皇位的“夺门之变”后被害身亡。