自第二次新吉翁战争结束了12年后的U.C.105年，因地球联邦政府的腐败和地球环境污染的加速，在强制平民前往宇宙的同时，也开始实施非人道的政策“人类狩猎”。
在这种局面下，反地球联邦政府运动组织“马夫蒂”，在组织首领：“马夫蒂·纳比尤·艾林”（其真实身份是联邦军内素有声望的一年战争的功臣联邦军上校布莱德·诺亚之子哈萨维·诺亚）的带领下，针对地球联邦高官展开了暗杀等一系列恐怖活动。
继承了阿姆罗·雷和夏亚·阿兹纳布尔两人的思想，成为了为了内心的意志和道路而不断奋斗前行的战士哈萨维，却与联邦军上校凯奈斯·斯雷克和谜之少女琪琪·安达露西亚相遇了，而这也是改变他们命运的相遇。

Set in the year 2052, Earth has managed to find peace until the arrival of the Death Force - ruthless aliens from a dying solar system - who are desperately searching for a new home. Attacking the Earth with a massive satellite ship called Terror Star, the aliens proceed to terraform the planet to make it their own. For mankind there is one hope: it's up to Colin Collins and a small band of his fellow surviving students to crew a top-secret submersible vessel that can fight the invaders at sea or in space.