《男子高中生的日常》以真田北男校为舞台，围绕着主角忠邦（入野自由 配音），以及他的死党秀则（杉田智和 配音）和吉竹（铃村健一 配音）的日常高中生活而展开。忠邦主要担任吐槽的角色，长相中性的他常常被秀则和吉竹联合欺负。登场人物还有同校学生会的元治、唐泽、副会长和会长等人，这是一群基本上没有女朋友的男校学生，在鲜有女生参与的情况下，展开了插科打诨的日常高中生活。
这是一部搞笑向的作品，内容短小，笑点十足。动画以每集一个小故事的节奏，采用“男子高中生与XX”的标题形式，将男子高中生的爆笑日常故事呈现给观众。
本作根据山内泰延的同名漫画《男子高中生的日常》改编而成。

樱丘高中的新学期开始了，这不仅仅意味着有许多新的面孔将出现在校园里，同时也意味着，一场轰轰烈烈的社团招募大战即将拉开帷幕。天然呆少女平泽唯（丰崎爱生 配音）对新的校园生活有着一份憧憬但也心怀忐忑，这时一个大大咧咧的女孩田井中律（佐藤聪美 配音）出现在了她的面前。在阿律的热情邀请下，有些迟钝的小唯莫名其妙的成为了“轻音部”的吉他手。来到轻音部活动室的小唯见到了贝斯手秋山澪（日笠阳子 配音），这个有些正经但又有些害羞的黑长直让小唯心生好感。但这时小唯才发现，这个传说中的轻音部，所有的社团居然就是她们三人，而按照学校的规定，凡是不满四人的社团就要被解散。怎么办？刚刚加入社团的小唯，立刻要开始为了保证社团不被解散而开始奋斗！

私立樱才学园本是一所女子高校，然而，在社会大趋势的冲击之下，校方决定打开大门，迎接男生们的到来。第一年，学校录取的男生仅有区区二十八人，他们所要面对的，是泱泱五百二十四位“如狼似虎”的女生们。津田隆利（浅沼晋太郎 配音）就是这二十八人中的一员，机缘巧合之下，他误打误撞加入了学生会之中。
外表端庄秀丽，却有着极大脑洞和极强妄想能力的学生会会长天草筱（日笠阳子 配音）、个性成熟可靠但有时候会语出惊人的七条天空（佐藤聪美 配音）、智商超哥但个性如同小学生一样傲娇的荻村铃（矢作纱友里 配音），在三位古灵精怪的女孩子的陪伴下，津田的校园生活正式拉开序幕。