《男子高中生的日常》以真田北男校为舞台，围绕着主角忠邦（入野自由 配音），以及他的死党秀则（杉田智和 配音）和吉竹（铃村健一 配音）的日常高中生活而展开。忠邦主要担任吐槽的角色，长相中性的他常常被秀则和吉竹联合欺负。登场人物还有同校学生会的元治、唐泽、副会长和会长等人，这是一群基本上没有女朋友的男校学生，在鲜有女生参与的情况下，展开了插科打诨的日常高中生活。
这是一部搞笑向的作品，内容短小，笑点十足。动画以每集一个小故事的节奏，采用“男子高中生与XX”的标题形式，将男子高中生的爆笑日常故事呈现给观众。
本作根据山内泰延的同名漫画《男子高中生的日常》改编而成。

故事发生在遥远的未来，一种神秘的病毒侵袭了地球，十三岁以上的人类全部灭绝，可是，对于那些幸存下来的孩子们来说，活着却并不意味着幸运，横空出世的吸血鬼一族成为了地球上的统治者，而这些孩子们则作为它们的口粮被“饲养”起来。
优一郎（入野自由 配音）和米伽尔（小野贤章 配音）不愿意向命运低头，为了反抗，优一郎加入了日本帝鬼军，成为了月鬼组的一员。在那里，优一郎结识了特立独行的柊筱娅（早见沙织 配音）、善良软弱的早乙女与一（冈本信彦 配音）、温文尔雅的君月士方（石川界人 配音）和大大咧咧的三宫三叶（井口裕香 配音），五人成为了生死与共的战友。

监视官常守朱在得知西比尔系统的真相后，选择遵从系统，并依然信守人性与法律秩序。她率领新生的刑事课一系，每天与犯罪者对抗着。
然而，足以动摇系统的怪物正在他们面前悄悄潜伏着，而他们却对此一无所知——