导演率领拍摄组来到神秘的骷髅岛开始了一部电影的拍摄，女主角是漂亮娇小的安(娜奥米•沃茨 Naomi Watts 饰)，她在纽约的演艺事业陷入了低谷，这是她时来运转的大好机会。他们乘坐轮船来到岛上，却不知在岛上即将要险象横生。
正当导演要开始开机拍摄时，他们遭到了当地土著的袭击，几个随行人员遇难身亡。摄制组慌忙逃离，幸好起航离去，却发现不见了女主角安。
原来安土著野人抓走，被当作祭品。安尖声惊叫，引来了传说中骷髅岛的猩猩——金刚的关注。金刚在岛上很有霸气，连恐龙都要忌它几分。然而，野兽爱上了美人，金刚搭救安脱离困境，不料却让自己陷入了一场悲剧。

自从魔斯拉、翼龙拉顿、三头龙基多拉和哥斯拉混战结束后，帝王组织已经在骷髅岛建立了观察区，大部分资料也向公众开放；此时的金刚也已经长大。一家高科技公司APEX利用资料，尝试一项大胆的任务，意图消灭哥斯拉，但这一任务风险和危机共存。然而，哥斯拉感应到了APEX的机械巨兽，开始向人类发动攻击；APEX见状决定利用金刚探寻地心世界以获得更多能源。一心只想回到真正的家园的金刚与他的保护者们踏上了一次艰难的旅程。与他们一道前行的还有一个年轻的孤儿女孩——吉雅，这个女孩与金刚之间存在着一种独特而强大的紧密联系；但意想不到的是，他们在前行的航道上与愤怒的哥斯拉狭路相逢，深藏在地心深处的奥秘也由此揭开……

上世纪70年代，一支集结了科考队员、探险家、战地摄影记者、军人的探险队，冒险前往南太平洋上的神秘岛屿——骷髅岛。他们的到来惊扰了岛上之神——史上最大金刚。经过一番惨烈的激战之后，探险队员散落在了岛屿各处。此时，队员们才意识到这次探险并不是一次单纯的科考任务，而是去探索怪兽存在的证明。
在这片与世隔绝、危险密布的丛林，无数怪异的史前生物暗藏其中，时刻威胁着他们的生命。队员们还遇到了神秘的原始部落，金刚的身世和其守护岛屿的原因也被逐渐揭开，原来，恐怖阴森的骷髅岛上还蛰伏着更凶狠残暴的怪兽……