柯南和小五郎等拉着大队，来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传，大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一起展开调查。
柯南认为猎人之死，跟宝藏传说有着莫大关系，他试图解开背后原因，“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“Jolly Roger(海盗旗)”后，满以为有所起色，猎人却突然现身，并偷走了原来发现的宝藏！小兰和园子落在猎人的魔掌之中，性命危在旦夕！隐藏于传说中的讯息是什么？“海底宫殿”有什么秘密？穿越300年时光的暗号，柯南誓要逐步解开迷题

迷人的杰克（约翰尼•戴普 饰）船长又回来了，这次，他遇到了更为强大的敌人——传说中的不死人大卫•琼斯(比尔•奈伊 饰)，他驾驶着让人恐惧的“飞行荷兰人”号快船，在速度与装备上，没有任何船能够超越它。杰克船长欠下琼斯一个血债，他必须赶在最后时限到来之前，找到破解的方法，否则他会永远背负血债，并且在余生永远成为琼斯的奴隶。
当然，杰克船长的好朋友威尔•特纳（奥兰多•布鲁姆 饰）也被卷入了他的坏运气当中。因为杰克，威尔和伊丽莎白（凯拉•奈特莉 饰）的婚礼被迫取消，伊丽莎白还被关进了监狱，威尔为了救她，只能去寻找杰克。
这次两个好朋友遇到了巨大神秘的海洋怪物、不友善的小岛土著、打扮华丽的占卜者戴尔玛，威尔失散多年的父亲--“拉靴带”比尔•特纳(斯特兰•斯卡斯加德)在关键时刻离奇现身，成为全局的转折点……

活跃于加勒比海上的哈里、道格（Frank Langella 饰）、莫迪三兄弟各保存着一份藏宝图的三分之一，道格欲独占宝藏将哈里重伤致死。哈里之女摩根（Geena Davis 饰）接管晨星号海盗船，继承了父亲复仇与寻宝的遗愿。摩根取下父亲头皮上的藏宝图，却因无法辨识图上的拉丁文而登陆求助，适逢惯偷肖（Matthew Modine 饰）被官方贩卖为奴，摩根依赖肖的翻译能力把他买下，并且很快在官军对自己的追捕中展现了悍女本色。摩根等人寻至莫迪处，不料道格意外出现，混乱中莫迪身死，而肖将第二张藏宝图占为己有。摩根惩治了肖的不忠，但却无法摆脱尾随的道格，最终船员叛变，摩根失去了晨星号，虽然肖协助摩根发现割喉岛宝藏所在，但是在道格和官军的围堵下，取得宝藏谈何容易？