故事紧接上一季结尾：夏威夷州长遭谋杀后，Steve McGarrett成了头号嫌疑人，被临时羁押在监狱里等候出庭受审。Danny突然带着能够洗清他罪名的证据前来探监。与此同时，Kono遭到停职检查的处分，内务调查部派人对她展开全面调查。Terry O'Quinn在本集中扮演McGarrett在海豹突击队受训时的指挥官Joe White；Richard T. Jones扮演新任夏威夷州长Sam Denning；William Sadler再次扮演McGarrett的父亲John McGarrett。

Deeks disappears while on an undercover assignment for the LAPD; Hetty offers help, so Callen and company lend a hand; Eric follows a trace to a Serbian bad guy; Deeks shows up and solves the case, and the team get him out of a tight spot.

Season 3, Episode 1: Red Sky at Night
Original Air Date—23 September 2010

在这部名为《忏悔》（The Confession）的网络电视剧中，基弗-萨瑟兰扮演了一位职业杀手，他将在每一集中向神父告解，解释为何要杀死这些受害者。《忏悔》的拍摄期间正好赶上了恶劣的暴风雪天气，然而剧组利用9天的时间就在纽约完成了拍摄。
网络剧《忏悔》一共10集，每集只有五到七分钟，今年3月在HULU网站独家播出。