少林武僧火新（元彪 饰）本是香港一名神勇干探，因数年轻妻子带着女儿离开了他，加上在查案时误杀了一名青年，他一时看不开来到了少林寺出家。现在，火新和一班师兄弟回到了香港进行巡回表演，恰巧这时，一系列意想不到的命案发生了。接二连三有人突然浑身发热，发疯似的自残，最后惨死，连火新的前上司和好战友李sir都这样莫名其妙死去。为了查清真相，帮李sir申冤，火新决定留下来查明真相。火新与老友黄保（梁家仁 饰）的一个租客（陈豪 饰）一同住在黄保的出租房内，火新发现这么租客是一个男妓，但他的通灵感觉告诉他这人以后会和自己经历一系列惊险场面，案情越发扑朔迷离。火新再次成为通天干探！

法證部的高級化驗師高彥博(歐陽震華飾)工作出色，備受讚許，遺憾是妻子古澤瑤(劉錦玲飾)，因為意外而癱瘓，但是，多年來他對妻子不離不棄，情深一片，贏得眾人，尤其是舅仔兼法醫科醫生古澤琛(林文龍飾)的佩服與讚譽，故而兩人感情要好。可惜瑤被診斷出患上癌症，禍不單行是她食過博送來的食物後竟突然死亡，令人懷疑博對妻子下毒手。尤其是警察部重案組的高級督察梁小柔(蒙嘉慧飾)，更懷疑博與丁沛沛(陳芷菁飾)舊情復熾，急不及待要解決瑤這個包袱。加上柔的弟弟梁小剛(鄭俊弘飾)是法證部的技術員，正是博的下屬，卻事事受他挑剔，但博對沛之妹妹林汀汀(鍾嘉欣飾)卻循循善誘，令柔覺得厚此薄彼，不滿博。

後來，柔的父親梁興隆(于洋飾)因為不甘被梁興忠所騙，與忠起爭執，事後忠被殺，隆在人證、物證確鑿下成為殺人疑犯。此時，博再以其客觀理智的態度，與琛鍥而不捨地反覆驗證，找出疑點，終揭發真兇。柔喜見父親沉冤得雪，對博大為感激，更對他博學而機智，不偏不倚的驗證態度信服，對他大為改觀。琛除了法醫工作之外，亦將自己的見聞創作出一系列推理小說，深受讀者歡迎，女友汀亦是其擁躉之一。未幾，在琛小說中出現的敗類竟相繼意外死亡，初時琛與博、柔以為純屬巧合，但漸漸覺得是有人模仿琛的小說進行地下裁判，濫用私刑，琛更因此而成為爭議對象，飽受壓力。汀為了替男友澄清，盡力追查兇手誰屬，但正當她找到線索時，卻突然受襲昏迷，生死未卜。琛大為緊張，柔決定設局引出真兇。一日，一個神秘人暗暗向博發出了戰書。一宗血案的兇手留下的指紋竟屬博，所有現場的不利證據矛頭均直指博，意味著整個法證部似是備受挑戰。

王振扬即将上任成为香港警务处长，而他的上任势必会给香港龙蛇混杂的黑道以重大打击。侯家是香港最大的黑帮，其话事人侯文华（魏骏杰 饰）扬言会在一个月之内让王振扬知道他们的厉害，重振黑道雄风，警方派出情报科高级督察黄家辉（郑嘉颖 饰），命其不顾一切保护王振扬的安全。
侯文华联手泰国毒枭企图垄断东南亚毒品市场，他们的阴谋被女警丽塔（施莉达 Sririta Jensen 饰）识破，经过调查，这一切犯罪行动和富商郑坤有着撇不清的关系。西九龙重案组队长冯志伟（方中信 饰）邂逅了名为彭惠（蒙嘉慧 饰）的女子，后者实为侯文华的心爱之人。在侯文华的精心设计之下，冯志伟蒙上了杀警的不白之冤，与此同时，冯志伟亦发现在警局之中存在着黑帮卧底。

1997年，刚刚考上惩教官的张承希（郑嘉颖 饰）接到妹妹的求助电话，继父刚才对她意图强奸未遂。压抑多年的希忍不住怒火直接冲到继父与其发生冲突，在抵挡继父还手时失手用扳手将其击晕。由于惊恐匆匆离开的希想不到次日即被警方逮捕，罪名是谋杀继父。上庭作出关键性证供的正是表弟唐立言（郭晋安 饰），希被判罪名成立，监禁13年。
2007年，希出狱，十年来他一直在等待着问清一个事实：为何唐立言要做假口供。如今的唐立言已经是证言行的老板，在世人眼中是严格追求事实真相不畏强权的正义形象。而希的案底以及暴躁的脾气则让所有亲近的人生怕，揭露唐立言真面目的道路漫长而艰辛，两个男人的较量正式开始。