深夜12点，美国洛杉矶反恐小组负责人杰克·鲍尔（基弗·萨瑟兰 Kiefer Sutherland 饰）接到同事妮娜·麦尔斯（莎拉·克拉克 Sarah Clarke 饰）的电话，让他火速回办公室，因为情报显示。首位黑人总统候选人——参议员大卫·派尔默（丹尼斯·海斯伯特 Dennis Haysbert 饰）正受到暗杀威胁，而且CTU里面可能有内鬼。因此杰克需要在接下来的这24小时内，追踪杀手保护总统候选人，并查出内鬼。同时，杰克的女儿金姆（伊丽莎·库斯伯特 Elisha Cuthbert 饰）偷跑出家与女友珍妮去参加派对，却不想被挟持。为了找到女儿，特瑞（伊丽莎·库斯伯特 Elisha Cuthbert 饰）和珍妮的父亲只得独自去寻找女儿。可是，不想女儿被绑架原来是恐怖分子策划的，寻找女儿的妻子特瑞也一同被恐怖分子所绑架。为了拯救妻女的性命，杰克不得不听从首领格恩斯（迈克尔·马西 Michael Massee 饰）的摆布。在接下来的时间里，杰克只得使尽浑身解数，在保证妻女安全的同时，还得保护总统候选人派尔默的安全……

在前一季里面，为了摆脱仇杀，杰克（基弗·萨瑟兰 Kiefer Sutherland 饰）利用计谋脱离，隐姓埋名过着普通的生活。然而，随着前总统大卫·鲍尔默（丹尼斯·海斯伯特 Dennis Haysbert 饰），前同事米歇尔（蕾可·艾尔丝沃斯 Reiko Aylesworth 饰）和托尼（ 卡洛斯·博纳德 Carlos Bernard 饰）相继被杀，最后一位知道杰克还活着的同事克洛伊（玛丽·莱恩·莱杰斯库 Mary Lynn Rajskub 饰）也受到了死亡威胁。不得已，克洛伊拨通了杰克的电话，想找他寻求帮助。而在克洛伊和杰克见面时，杀手出现，杰克最终以不凡的伸手抓住了追杀他们的人。并从其口中逼问出，原来刺杀前总统是他们的主要任务，其他目标只是为了能将调查的矛头指向杰克，让杰克成为这次刺杀任务的替罪羊。杀掉前总统，目的也是为了灭口，不想前总统公布某些事情。那前总统到底想说什么呢？杰克不得不抛弃目前的平淡生活，再次卷入一场惊天阴谋中。

在经历了上一次的恐怖袭击之后，由于政府对CTU应对恐怖事件的解决方式不太满意，还是最终决定解散CTU。杰克·鲍尔（基弗·萨瑟兰 Kiefer Sutherland 饰）也因使用酷刑等非法手段来防止恐怖袭击，而受到审查。原本以为自己终将在监狱里度过余生，却因死而复生的前同事托尼（卡洛斯·博纳德 Carlos Bernard 饰）的出现，彻底打乱了杰克现有的生活。托尼希望杰克能与他一起，共同调查又一次在美国大路上展开的恐怖袭击。而随着调查的不断深入，杰克觉得身边的托尼越来越琢磨不透。杰克一直觉得托尼有什么事情没有对他说明白。由于新总统对杰克的信任，所以他们的调查之路虽然危机重重，但是开展得还算顺利。不过，最后杰克终于发现这次恐怖袭击的幕后策划者，原来是一直与他并肩作战的朋友托尼……

在第五季的结尾，杰克（基弗·萨瑟兰 Kiefer Sutherland 饰）意外的被中国秘密逮捕，在长达20个月的关押期。杰克忍受着非人的严刑拷问却没有说一句话。而此时的美国，却遭受到恐怖分子炸弹袭击的威胁，而且证据显示可能是伊斯兰教派武装组织所为。CTU方面调查发现，这一系列恐怖袭击的背后主使是一个名叫阿萨德的伊斯兰恐怖分子。而为了能顺利实施针对阿萨德的刺杀计划，美国和中方交涉，换回了被关押的杰克•鲍尔。打算利用杰克作为诱饵，引出阿萨德。可是，在引诱阿萨德出现的一系列活动中，杰克却发现这次恐怖袭击的幕后主使另有其人。为了化解即将到来的恐怖袭击，杰克再次挺身而出，只身与恐怖分子展开了较量……