武师陈厚德（元华 饰）远赴美国开设宝芝林，时常召唤国内的徒弟阿杰（李连杰 饰）来美国帮衬，但阿杰担忧在美的居留问题，迟迟未到。陈厚德曾经收下一名美国弟子尊尼（杰瑞•特林伯 饰），尊尼学成后却挑战师傅，意欲扬名立万扩张自己的武馆，陈厚德被尊尼打成重伤，宝芝林也被砸烂，幸好有少女安娜路过，将陈厚德救走。几乎同时，阿杰终于来美探望师傅，岂料一出机场便遭遇各种麻烦，先是莫名其妙收下三名落魄墨西哥少年为弟子，又与查封宝芝林的银行地产部经理阿美（郭锦恩 饰）不吵不相识。阿杰因语言不通，守候宝芝林寻找师傅下落，而尊尼也在四处打探陈厚德的去向，一中一外两名弟子，将为义与利的不同追求狭路相逢……

清朝末年，曾任黑旗水军教头兼民团总教练的广东佛山武师黄飞鸿（李连杰）常在宝芝林教人练武，期望借此自强救国，可是眼见政府苟且偷生洋人横行霸道，他渐渐领悟到单凭武术不足以使民众从苦海中脱离，开始努力找寻其它救国出路。梅县梁宽（元彪）在戏院结识黄飞鸿的恋人十三姨（关之琳）后与黄飞鸿出生种种误会，终投武夫严振东门下与黄飞鸿成为敌手。
严振东与洋人连手鼓吹美国是金山世界，将包括十三姨在内的大批中国妇女骗掳上洋船，梁宽此时幡然醒悟，明白黄飞鸿是友非敌，在他的帮助下，黄飞鸿开始与洋人及其爪牙展开浴血奋战。

20年代末，为完成师父的志愿，陈真（李连杰 饰）到日本学先进技术，求学中的他喜欢上了日本女孩山田光子（中山忍 饰）。因为师父霍元甲之死，陈真回到中国，协助师父之子霍廷恩（钱小豪 饰）主持精武门的业务，不料却引起了他的妒忌，师兄弟之间引发权力之争。
另一方面，陈真追查师父死因，怀疑是日军军官藤田刚（周比利 饰）暗中使用慢性毒药杀死霍元甲。陈真请医生验尸，证实师父确系中毒而死。藤田刚恐阴谋败露，杀人嫁祸，展开了连场恶斗。不久，藤田刚挑战精武门，他诱使日本黑龙会总教头船越文夫向精武馆挑战。比武之日，双方开展了一场惊心动魄的决战。

明朝成化年间，朝纲腐败，奸邪当道。西厂东厂为宦官把持，混淆黑白，陷害忠良，朝野内外噤若寒蝉。时有赵怀安（李连杰 饰）等流亡剑客挺身而出，接连铲除东厂数名奸佞，致令阉贼胆战心惊。适值此时，风头正劲的西厂督主雨化田（陈坤 饰）出面干预。另一方面，宫女素慧容（范晓萱 饰）怀有身孕，绝命奔逃。被雨化田的爪牙追捕途中幸得神秘侠客凌雁秋（周迅 饰）相救。二人一路辗转逃往关外，来到曾经引起过腥风血雨的龙门客栈落脚。龙门客栈一如往昔，为凶险异常之所在。雨化田手下追赶至此，与先前而至的鞑靼商队剑拔弩张，关键时刻更有与雨化田长相极其相似的卜仓舟（陈坤 饰）与女侠客顾少棠（李宇春 饰）投宿客栈。不久，赵怀安一众也偷偷潜至龙门。
各方势力云集于此，新的正邪之战即将展开，更有天大的秘密即将揭开……

霍元甲（李连杰 饰）年少时以稚嫩的霍家拳打败向他挑衅的武人之子赵健后习武信心大增，凭着对武术极高的天分及热情，他的武艺日益精进，成为天津赫赫有名的武师，可是其性情也变得浮躁傲慢，越来越好勇斗狠。得知徒弟被天津另一高手秦爷重创后，霍元甲不问原由闯入秦爷寿宴，威逼其当场签生死状与他比武，虽然最后他取得了胜利，但却因此赔上了母亲及女儿的性命。大错铸成后，痛不欲生的霍元甲神志昏乱远走他方。后得某偏远村落的村民孙婆婆及其失明孙女月慈（孙俪 饰）的悉心照料，霍元甲复原了精神气，也逐渐领悟到了武学的真谛。