小兰的朋友原子家铃木财团准备展出他们家珍藏的沙皇尼古拉二世家的宝物——回忆之卵，回忆之卵里收藏了沙皇尼古拉二世一家的珍贵照片，由此特别珍贵。岂料在展出之前，却收到了怪盗基德的通知函，上面用迷语的方式列明他盗宝的时间。原子找到小兰的爸爸名侦探毛利小五郎帮忙，当然，真正的幕后高手柯南也会和小兰一起前来。柯南遇到了同为侦探的服部平次，两人决定一起联手解开怪盗基德之谜！

这日柯南、小兰一行人来到米花市市政大厅，一场有关最新游戏“茧”的发布会正在这里召开。由于迥异于以往任何一款游戏的“茧”可能一举改变全球游戏业界的价值观，发布会吸引了代表日本上流社会的政治、财经、演艺界人士，50名游戏体验者也多是他们的后代，新一的父亲、推理小说大师工藤优作由于参与故事编写，也来到现场。这边热热闹闹，游戏的研发者兼负责人坚村却被杀于地下室。坚村死前留在键盘J、T、R上的血迹令柯南想到答案可能在游戏中，他利用优作的关系加入了体验者队伍，小兰、灰原哀等人也拿到了体验入场券。
50名体验者刚分别进入一个外型酷似蚕茧的“大型胶囊”，游戏即被自称“诺亚方舟”的人工智能控制，“诺亚方舟”称游戏将提供5个完全真实的历史场景，体验者可选择其中之一进入，被淘汰会进入休眠状态，若最后无人走到终点，他们的大脑组织皆会被摧毁，此举是为令日本社会重生。柯南一行及几个骄横无礼的上流社会公子哥进入的是19世纪伦敦的贝克街，那里杀人犯开膛手杰克正在兴风作浪，他身上正有柯南要找的答案！而优作也在现实中正对案件展开调查。

目暮警官、小兰的母亲妃英里、阿笠博士接连遭到不明身份之人的暗算。柯南追踪伤害阿笠博士的凶手，他根据几起案件现场留下的线索发现凶手按照扑克牌的顺序行凶，而且遇害者皆与毛利小五郎有关。目暮提供的线索初步揭开事情的真相，原来毛利当年任职警察的时候曾经逮捕犯下杀人罪的赌徒村上丈，当年也更因这一事件导致毛利离职以及婚姻变故。
十年后，服刑期满的村上丈出狱，开始按照扑克牌的顺序向毛利身边之人展开报复。在得知原委后，毛利努力寻找身边与数字有关的人。在这一过程中，各种惊险场面接连出现。而柯南也对案件的真相产生疑惑……

柯南在街头目睹一名正打电话的警察在雨中被射杀，忙将凶手追踪，但凶手逃脱。死者闭眼一刻紧抓左胸，似乎有所暗示。事后柯南从目暮警官口中了解到紧抓左胸是暗示那里有警察手册。不久又有警察手拿警察手册被人射杀于地下车库。对于这两起案件，目暮警官等人一反常态不愿向毛利小五郎及柯南透露太多信息。毛利不甘心进一步追问，白鸟警官只答一句“Need not to know”。该话是警察之间所用的密语，意味这两起杀人事件与警察内部人士有关。
柯南、小兰等人参加白鸟妹妹的婚宴，电突然间停掉，那刻小兰正与女警佐藤在洗手间。小兰拿起身边的手电筒欲照明时，一颗子弹射进佐藤身体，小兰吓昏过去。次日小兰醒来，却因怪责自己害佐藤挨枪失去记忆。目暮见事态越来越严重，将秘密说出，原来死去的两名警察正与佐藤一起重查一桩有关医生仁野自杀的案件，该案涉及到警察局长的公子。将局长公子假定为嫌疑人之一时，柯南亦想到佐藤被射杀后宴会上少掉的两个人。

柯南、灰原及少年侦探队成员步美、光彦、元太随博士这日露营完毕，绕道参观西多摩市新建于富士山前的日本第一双塔摩天大楼，毛利小五郎恰也应双塔所有者、他的学妹常盘美绪之邀，携小兰、园子参加开幕典礼。美绪介绍下，他们认识以画富士山闻名的画师如月峰水、市议员大木岩松、双塔的设计者风间英彦（森谷帝二的弟子，第一弹《引爆摩天楼》中，森谷曾向新一挑战）、天才程序员原。期间灰原的举动异常。
大木提前入住B塔被害，目暮警官着手调查发现他与美绪似有不同寻常关系，不久原亦被杀害于家中。因为现场都留有与日本画画师作画时所用的乳钵相似的小酒杯碎片，两起案件似系一人所为。柯南由小酒杯联想到灰原曾效力的、以酒名为绰号的黑暗组织，并注意到第二起案件中碎片上未沾染血迹。与此同时他找到灰原举动异常的原因，却发现她正被人追踪。而园子玩笑弄的发式令她像极了雪莉（灰原）。
开幕酒会上，美绪向宾客展示如月最为宝贵的富士山画作时被杀，死相正如横亘在富士山正中的双塔的缩影图，她的身下也有一个小酒杯，不过却是完好的。地上一颗原本该呆在美绪脖子上的珍珠令柯南将目光转向如月。紧接，A楼美绪公司电脑档案所在的楼层及地下配电室发生爆炸。逃亡时刻，柯南注意到正有一支枪瞄准园子，心中给出了所有疑问的答案，但他及小兰等人最迫切需要解决的却是如何从火海逃脱。

知名舞台剧女演员牧树里这日收到怪盗基德的预告信：在26个字母的盘旋飞舞中，他来拜领无价的“命运的宝石”。毛利小五郎受到牧树里委托将信件分析，认为基德将在演出最后一晚前来盗取宝石，当晚他及柯南、小兰等人来到剧场，那里早有诸多警察守候。
令柯南吃惊的是，基德竟扮成工藤新一出现在众人面前，但他及众人方向不同的紧张过后，宝石并没被盗，柯南醒悟字母预告信与航班相关。而柯南、小兰、牧树里及其同事搭乘的前往北海道的飞机上，尚有一起杀人计划正被精心设计。

日本著名造船公司八代商船设计制造了旗下第一艘豪华邮轮爱芙罗黛谛号，为庆祝该邮轮的处女航，八代商船邀请各界名流参加，上到首相下到富豪悉数前来。铃木园子的父母也接到邀请，因行程安排铃木夫妇无法出席，园子于是邀请、毛利小五郎、小兰、柯南等一众好友同行。蓝天白云，美酒佳肴，众人无不陶醉于这美好的假期之中。
但是，这注定是一次不寻常的航行。先是园子突然遭人绑架，接着八代商船的女社长贵江被人杀害，与此同时董事长八代延太郎也从船上神秘失踪。此前不久，贵江的丈夫八代英人驾车时突发心脏病冲下山崖。这一连串死亡、失踪案件似乎都与15年前八代商船的沉船事故有关。在层层推理调查之下，隐藏的秘密渐渐浮出水面……

柯南和小五郎等拉着大队，来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传，大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一起展开调查。
柯南认为猎人之死，跟宝藏传说有着莫大关系，他试图解开背后原因，“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“Jolly Roger(海盗旗)”后，满以为有所起色，猎人却突然现身，并偷走了原来发现的宝藏！小兰和园子落在猎人的魔掌之中，性命危在旦夕！隐藏于传说中的讯息是什么？“海底宫殿”有什么秘密？穿越300年时光的暗号，柯南誓要逐步解开迷题

知名建筑设计师森谷帝二这日邀请新一参加在他府上举办的茶会，柯南只得电话拜托小兰。柯南、小兰及毛利小五郎三人未入森府，已被绝对对称的宏伟建筑吸引。衣香鬓影的茶会上，森谷帝二令人诧异地大声攻击年轻设计师，讲建筑的美学准则要被他们破坏殆尽。柯南在规定时间内将他出给众宾客的难题破解，被获准和小兰一起参观陈有他设计图的展览馆，交谈中，他感慨30多岁初成名时的作品不够对称称不上完美，并从小兰口中打探到她要与新一在米花大楼约会为新一庆生的诸多细节。
不久，柯南连接数通向新一挑战的电话，对方均告知他已在某地放置会在某时爆炸的炸弹，柯南将危机一一化解后，开始与警方、毛利一起分析到底是何人所为。电视报道其中最为轰动的爆炸案时，柯南由画面联想到所有炸弹放置的地点附近均有森谷帝二自认不完美的作品，心中一惊。众人拜访森谷帝二时，柯南暗中将他的宅邸查看，找出凶犯正是他的证据，原来他是狂热的完美主义者，想亲手毁掉年轻时因妥协设计出的不绝对对称作品，并借机报复没令他的宏伟设计夙愿在西多摩市达成的新一。被抓一刻，森谷帝二的冷笑令柯南醒悟：米花大楼亦是他不完美的作品，小兰正在那里等新一赴约。

一天毛利小五郎收到一张请帖，里面是谜样男子的委托，需要前往横滨的一个游乐场。小五郎和柯南一行人快乐地到达欢乐的游乐场，还带上了可以出入无阻且代表 VIP 的手表，不料正中那名神秘男子的圈套。所有带上手表的人不得离开游乐场，否则便会发生爆炸。从现在开始到晚上十点，柯南和小五郎如果不能解开谜题，兰和少年侦探团也会随着游乐园粉身碎骨。然而更意想不到的是，那名男子居然直接称呼柯南为工藤新一。

高中生侦探工藤新一与毛利兰在游乐园游玩时发现两个行动诡异的黑衣男子，便跟踪他们，不料被灌下一种叫「APTX4869」的神秘毒药，然而因为药物副作用，新一的身体竟回到孩童状态。为不使周围的人受到牵连，他化名为「江户川柯南」，寄住在毛利兰家中，用阿笠博士发明的手表型麻醉枪让毛利小五郎睡着，接着用蝴蝶结变声器模仿他的声音来进行推理，解决了许多案件，并一直寻找着黑衣组织的人的下落，希望有朝一日将其绳之以法，并变回原来的样子。

这是发生在一个虚构的城市里面的故事，在一个很平常的日子，直太与真见美在一起，突然出现一位行为怪异的女人-晴子。

骑着电单车对直太撞个正着，在晴子的‘人工呼吸’下被救活的直太，紧接遭到吉他往头部个正着，这一下也打开了这故事的开端。

在之后，直太的头部就不断出现一些怪东西，但也在晴子以及第一个从直太头部出来的电视机器人-健次 的攻击之下一一解决了。

尤其是在紧急的时候，直太想起一想哥哥，自己或着健次头上出现的迷样符号，使其力量大增，突破困难。

后来发现，原来晴子是为了拯救自己的对手兼喜欢的人-雅特 为目的来到此地，后来出现了一位似乎很了解晴子的身份不明男子-亚麻 罗宇一度想阻止直太帮助晴子，但最后直太还是选择了晴子……

在神秘幽暗的大洋深处，生活着一群无人知晓的生物。他们个头很小，还没有拇指一般大，依靠头上的管子呼吸养分，每个人身上都有与他人不同的鲜艳色彩。他们以海草为食，在这里建立了一个与其他生物和谐共处的海底王国。精灵王国的文明高度发达，他们和地面上的人类一样有警察、总督、司机、厨师、科学家、法官等种种职业，最为重要的是，小精灵们更加爱护他人和身边的大自然。
主人公奥斯达是一个还在上学的黄色小精灵，他正义勇敢，身边经常为这几个性格各异的好朋友：始终保持沉默的绿色的嘟嘟、聪明开爱的女孩凯西、美丽动人的小红星以及自私自大的总督之子朱尼尔。这群好朋友在一起，每天都发生各种各样有趣的事情……

小智（松本梨香 配音）一行人继续着磨练技艺的旅途，他们来到了欧鲁德朗城，这里正在举行为了纪念百年前阻止了战争的勇者亚朗而设置的对战祭典。小智带着皮卡丘（大谷育江 配音）勇敢参战，并且最终凭借着强大的实力夺得了头筹，获得了珍贵的宝物“勇者之杖”。
然而，让小智没有想到的是，传说中的神奇宝贝路卡利欧竟然从杖中献身，它的重现江湖揭开了一个隐藏了百年的秘密。与此同时，神秘莫测的神奇宝贝梦幻献身会场，掳走了皮卡丘和喵喵。为了找回皮卡丘，小智和贝路卡利欧踏上了旅途，他们的终点是世界初始之树，在那里隐藏着一切问题的答案。

在代欧奇希斯（以下代欧）变成防御型态与裂空坐持续激战的同时，拉鲁斯市广播系统昭告大家紧急避难。市民们听到广播后便惊慌疏散。代欧此时又变成攻击型态，并对裂空坐释出攻击。广播持续呼吁民众这并非演习，而小超则在逃窜中的人群当中，大惑不解为何代欧还活着。当小超在避难时遇见一只难过的正电拍拍。小超一看到神奇宝贝顿时吓坏了，但听到它的求救声便镇静下来。原来它的同伴负电拍拍被陷进垃圾桶里无法挣脱，小超决定帮忙。当他打开垃圾桶盖时，忽然负电拍拍迫不及待地冲出来！小超又吓坏了，不由自主地想要逃离现场，这时忽然小卡比兽也从垃圾桶冒出来！可怜的小超就这么昏过去了。之后小智赶来发现不省人事的小超，便用尽方法想把小超叫醒。小超苏醒后却不高兴地嫌小智多管闲事（背景的小卡比兽则捡着垃圾吃）。此时小遥、小刚、正太、阿隆、一位女性和两位双胞胎女生也赶到，而小智正催促小超赶快逃难。但小超还来不及动作，忽然一束死光射到他们附近的地面，把大家吓得魂飞魄散！大家惊魂甫定时，小超告知有个地方可以躲难，一行人便跟了过去。
小超带大家来到他之前去的玻璃温室植物园。当小超对植物园的入口读卡机刷卡时，发现读卡机故障，门打不开了。正太自告奋勇地用双手奋力把门扳开。当大家为正太喝采时，阿隆盯着小智看，轻蔑地说小智怎么还待在拉鲁斯市里，以为他惨败后早该羞愧地回老家了。小智生气地说要再跟他比一场，小遥只得劝架说现在不是时机，但这时一旁的两位双胞胎女生加油添醋地说她们的哥哥绝不会输给小智。小智质问她们是谁，而那位女性解释那两位小女生是正太的妹妹们，オオドリ（暂：大鸟）和キャサリン（暂：凯萨琳）。女性则自我介绍是ヒトミ（暂：小瞳）。接下来我们都知道小刚会做出什么反应啦，而小胜也立刻拉走小刚的耳朵。
之后阿隆问大家该如何在植物园里打发时间，而小瞳则拿出笔记型电脑开始查询那只DNA神奇宝贝的资料。但出乎她意料之外并没有任何代欧的资料，正太则催促她继续尝试（背景的小卡比兽正在睡觉）。此时小智询问一脸哀伤的小超怎么了，而在其他人的关切下，小超开始诉说他四年前的经历。小超仰望着还在激战的两只神奇宝贝，在大家（除了小卡比兽）的全神贯注下，说代欧是从宇宙来的。四年前一颗陨石击中地表，而从陨石中，迸出那只被伦多博士命名为“代欧奇希斯”的神奇宝贝。由于它侵犯了裂空坐的大气层领域，于是大激战开始。裂空坐的破坏死光之后准准地轰碎代欧奇希斯，成为零星碎片。阿隆对小超的故事怀疑并嗤之以鼻，而正太也叫小超别把他们当小孩骗，并反问为何代欧现在还活着？小超只能回答他不知道。
此时在温室植物园上空，代欧开始复制自己的“影子代欧”分身。分身群一看到四处躲藏的惊慌市民，居然就开始冲下来，掳走市民到不知名的地方去了！
在植物园中小智他们仍藉着小瞳的电脑收听广播。记者播报现在拉鲁斯市被?\罩在代欧所形成的透明罩里无法对外通行，并且影子代欧们群仍不停地掳走人们。小瞳关掉电脑，正太则担心被困在这里。在窗外的影子代欧群不时地逼近，把大鸟和凯萨琳吓哭了。忽然一只分身冲破玻璃屋顶进来，小超看到赶紧叫大家赶快跑，但影子代欧却已经冲下来了！正太叫出水箭龟用高压帮浦，却对影子代欧无效。就在正太纳 闷为何无效的时候，从背后另一只影子代欧偷袭正太和水箭龟，从屋顶破洞把他们掳走了！阿隆生气地叫出火焰鸡使出火焰飞踢，小智叫皮卡丘用十万伏特，小瞳叫出巨金怪用彗星拳，双胞胎叫出溜溜糖球和雨翅蛾用泡沫光线。这些神奇宝贝在对付影子代欧群时，小智叫大家赶快逃走，阿隆则问小超是否知道紧急出口在哪。突然小刚发现他的宝贝球无法打开了，其他人也惊觉他们的也不行。
影子代欧又杀出重围逼近小超，害他只好继续逃躲。阿隆叫火焰鸡攻击影子代欧，并叫大家别管他而先行逃离。阿隆请小遥照顾好他的两个妹妹，但小遥不想丢下阿隆不管。此时小刚正着急地想叫醒小卡比兽（居然到这节骨眼还在睡），而火焰鸡持续使出上勾拳拖延时间，让小遥她们有时间跑到出口。小遥叫正在战斗的小智他们赶快跑过来，但小智他们还是吩咐小遥她们先行离开。忽然，小卡比兽打了大大的呵欠，同时嘴里冒出白光照射整个温室，居然把所有影子代欧给光分解了！小智他们便趁机跑向出口离开。
此时在伦多博士的研究实验室里，伦多博士不省人事地躺平。助手春野手持电击棒，嘴里假惺惺地感谢伦多博士的努力带给他不少的方便，忘我地盯着水晶球体，幻想自己能如何地从中获得暴利和权势并掀起神奇宝贝界的大革命。这时忽然有人敲门把春野吓了一跳。原来外面是小超和一行人，小超则对一行人解释实验室是建造在植物园的底下。春野这时开门让大家进去，但实验室里都不见伦多博士的人影。小超问春野父亲的下落，春野骗说伦多博士已经出门找他了。小超担心外面那么危险爸爸会不会有事，春野则叫小超不要穷担心。小智打算出去寻找博士，但阿隆则叫小智不要贸然行动造成大家的担心。一群人便待在一起等伦多博士回来。
已经晚上了，却仍不见伦多博士的踪影。大鸟和凯萨琳一直喊累喊饿，阿隆只好哄她们安静再等一下。此时小卡比兽手拿着三明治走向大鸟和凯萨琳，那对双胞胎以为这只好心的神奇宝贝带给她们食物，却看到小卡比兽当面把三明治吞掉了！两个女生顿时大哭，小智则决定要出外找食物。阿隆仍是提醒小智外面的危险，但这次小智毅然地跑出去，阿隆和其他人只好尾随。
在外头可看到影子代欧四处飘移，如同在巡逻一般。小智他们放低姿态以免被发现，并一起计画找寻食物大作战。当影子代欧暂时离开后大伙便分头行进，而小智、皮卡丘和小刚找到了一台热狗贩卖机，但电源切断了。小智叫皮卡丘使出十万伏特，那台电动贩卖机便一边启动一边播放音乐，热狗不停地掉出来，小刚他们就尽可能地抓了一大把。忽然，小刚把小智压在地上，并叫他不要出声，原来头顶上飘着一群影子代欧。小智他们躲在贩卖机后面，但机器的音乐却还在播放！影子代欧听到音乐后往贩卖机逼近，小智他们则吓得以为死定了。忽然小超和正、负电拍拍从另一头走出来，完全不知道影子代欧的存在。分身们立刻冲向小超，但正、负电拍拍联合用了电击绝招保护小超。这时，一只影子代欧倏地攫住负电拍拍和小超！小智便奋不顾身地抓住那只分身并猛咬它的一只手臂，小超便挣脱成功了。小智问小超是否安然无恙，皮卡丘则持续攻击其他分身。但为数实在太多了，小智叫大家赶快逃离，但小超仍担心负电拍拍的安全。小刚呼吁他们自身的安全更重要，于是他们便逃离现场了。他们来到一间开着窗户的建筑物，于是便爬进窗户躲藏。影子代欧群飞掠过来，幸好没有发现小智他们的踪迹。在稍微喘气后，小超发现正电拍拍为它的同伴难过，便试着抚摸安慰正电拍拍，却因为幼年创伤的身体排斥反应让他无法这么做，只好对正电拍拍道歉。此时皮卡丘在这栋建筑里找到一瓶水，让大家心情好了起来。
之后大家费了一番力气回到实验室，并一面吃着热狗一面称赞多好吃。此时阿隆指着小瞳的电脑广播，告诉小智那些被影子代欧掳走的人们（包括火箭队…和可达鸭）都被带到不知名的地方。小刚对那个特定地方感到奇怪，这时忽然听到伦多博士的声音！原来他从柜子里昏沈地爬出来，显然不知道自己被电昏的事情。博士说代欧正在找它的朋友，并问大家春野在哪里。大家说春野出去了，博士环顾四周发现水晶球体不见了。小超问父亲那是什么，伦多博士则回答，那球体是代欧奇希斯的另一部份身体。之后博士透露原来那球体就是让代欧再生、复制的关键！小胜告知春野带着球体离开了，阿隆则猜测原来代欧就是为了找回这球体才返回攻击大家的。
忽然，之前在植物园里的神秘光芒又出现在小超面前和他“谈话”。小超向大家介绍这是他在植物园认识的朋友，之后那光芒形成另一只代欧奇希斯的身影。小超告诉父亲或许水晶球体还有生机，便冲出去寻找，后面跟着其他人。
此时在拉鲁斯市的偏僻处，春野带着一只箱子疯狂地跑。忽然从两只神宝的战斗中射来一束死光，在附近的地面爆炸让春野失去重心并摔倒箱子滚出水晶球体。爆炸引发的碎石开始落向春野，而这伦多博士的助手就被掩埋了。在天空中的两只神奇宝贝也没闲着，裂空坐开始用身体紧缠代欧，让代欧无法动弹。
小超后头跟着其他人，藉由那个光芒的带领下继续向前跑。小超现在了解为何代欧奇希斯不想要孤独，并感同身受地决定要成为代欧的朋友。其他人也决定帮助小超停息裂空坐与代欧之争。此时春野挣脱瓦砾堆，一边咒骂水晶球体带来他的麻烦。春野这时困惑地找寻水晶球体的下落，但立刻信誓旦旦地自信一定能很快找到。他拿出遥控器按了钮，激发不远处的水晶球体射出强光。在天空中，被裂空坐缠住的代欧往下看到晶体，脸上顿时露出愤怒的表情。回到地上，引导小超的光芒正往水晶球体发出的强光接近，小智则兴高采烈地说找到了。阿隆觉得奇怪为何水晶球体会发出强光，大家便蹲下来端详。此时春野出现说水晶球体是他的，并伸手准备拿的时候，一群影子代欧过来把春野包围住了。阿隆认为它们也是要来拿水晶球体，此时小智决定，这次要帮助春野…！！

小智、小霞、小健及皮卡丘一行人来到了橘子群岛，在路途上遇到了暴风雨把他们吹到了亚西亚岛上，来到这里刚好村民在举行祭典，在祭典上小智从芙萝拉的口中听到一个古老的传说，“火之神、雷之神、冰之神不可以擅自触及，否则天地的愤怒将令世界走向灭亡”。这时坏人为了达到自己的目标抓洛奇亚，不惜破坏这个古老的传说，在祭典上芙萝拉要小智成为拯救世界的人，但必须得到三样宝物，这三样宝物分别在火之岛、雷之岛、冰之岛。小智去火之岛的路途中却遇到暴风雨，这时候，芙萝拉认为是她让小智走向危险的地方，所以芙萝拉、小霞、小健就决定去找小智．这时在火之岛的小智与皮卡丘要离开时遇到火箭队，而就在火箭队要强夺皮卡丘时，芙萝拉一行人刚好来到。芙萝拉与小智说话的同时，闪电鸟出现在火之岛，就在皮卡丘用它的电击与闪电鸟说话时，坏人出现了，它把闪电鸟的能源吸收后就抓了闪电鸟，连同小智一行人也被抓了。到底小智等人会如何呢？

真新镇的少年年满10岁之后，就可以得到训练神奇宝贝的资格。10岁的少年小智（松本梨香 配音）以成为最厉害的神奇宝贝训练大师为目标，即将踏上了修行之旅。小智因为早上赖床迟到，险些失去挑选神奇宝贝的资格，无奈下他领走了一只被挑剩下的神奇宝贝——皮卡丘（大谷育江 配音）。皮卡丘又名电气鼠，虽然长相可爱，但性格含羞内向却又不亲近人类，稍有不满就乱放电电人，暴躁的脾气让小智吃尽了苦头。大木博士把神奇宝贝图和宝贝球作为践行礼物送给了小智。在小智和皮卡丘的前方，神奇宝贝的世界有许多谜题和探险在等着他们，迎接他们的到底是光明还是黑暗，小智能否如愿成为神奇宝贝大师呢？

小美和父亲史诺顿博士在绿色原野过着相依为命的生活。某日，博士在偶然之中得到了一块神秘的木刻板，并因此惹祸上身下落不明，留下小美一人过着孤单的生活。小美于无意之中在木刻板上排列的文字，竟然幻化成为了强大的“未知图腾”，为了抚慰小美孤单的心灵，未知图腾制造了美满的幻境令小美深陷其中，随着时间的推移，小美曾经的家被结晶包围，成为了一座结晶塔，而小美的心也渐渐变为冰冷的结晶。
为了满足小美“想要妈妈”的愿望，未知图腾绑架了小智的妈妈困于结晶塔之中，迫使小智不得不踏上拯救妈妈的旅途，然而，小美的心智早已经被污染殆尽，在她的眼中，小智就是一心想要破坏她幸福生活的最险恶的敌人。

继母因无力负担生活，将苏菲和她的两个妹妹都送到了制帽店去当学徒。两个妹妹很快先后就离开了制帽店去追寻各自的梦想，只有苏菲坚持了下来。一天，小镇旁边来了一座移动堡垒，传说堡垒的主人哈尔专吸取年青姑娘的灵魂，所以小镇的姑娘都不敢靠近。
一个恶毒的巫婆为了报复苏菲与哈尔见面，用巫术把她变成了一个80岁的老太婆，而且苏菲还不能对别人说出自己身中的巫术。无奈，苏菲决定独自一人逃离小镇。天黑了，虚弱的苏菲没走多远，来到了移动城堡。心想自己已经是老太婆了，苏菲壮着胆子走进了城堡。不想，遇到了和她遭遇相同的火焰魔。两人约定彼此帮助对方打破各自的咒语……

罗森是一战中意大利空军的王牌飞行员，但却被施了魔法变了一头猪。虽然变了猪，但罗森还是继续他的老本行，成了一位赏金猎人，专门打击在亚地里亚海空域作恶的空中劫匪。红猪侠一时威名远扬，令劫匪们闻风丧胆。匪徒们为了对付罗森，请来了超级飞行员卡基斯。卡基斯在于罗森对决中趁他发动机故障将其击落。罗森把飞机送到老朋友比克罗处修理时，遇上了比克罗的孙女菲欧。菲欧帮罗森修好了飞机，两人一起再度翱翔蓝天对付空中劫匪。这时，卡斯基出现了，他对菲欧一见钟情。为了争夺菲欧的爱，卡斯罗向罗森提出决斗。于是两人再次浴血蓝空。