医生威廉姆(汤姆•克鲁斯 Tom Cruise 饰)携太太(妮可•基德曼 Nicole Kidman 饰)参加他的一位主顾――当地一个名流――家里举行的晚会时，巧遇了他的一位大学同学－－在晚会上担任钢琴师的尼克。
当晚，威廉姆因公外出。料理完公事后，他在一家酒吧再次遇到了尼克，尼克告诉了他有这样一个秘密舞会：在舞会上，所有的人都穿着晚礼服，戴着面具，到处都是裸体的美女。威廉姆禁不住好奇，再三乞求尼克，尼克告诉了他举行那个舞会的地址和入门的暗语。
威廉姆匆匆准备后，展开了一次如幻如梦的冒险之旅。过程充满了诡异和神秘，背后的玄机更是令人无法参透。

为了解开神秘的石柱突然屹立于地面并攻击人的秘密，原子动力太空般帝斯卡巴里号出发飞往距离八亿公里远的木星。此宇宙飞船的成员包括波曼船长、布鲁飞行员及三个在圆筒内冬眠的队员等五人。途中电脑HAL发生错乱，破坏了冬眠装置，布鲁被诱出船外，于黑暗的太空中被杀，波曼船长则被困在母船中，与之展开生死格斗，结果人类终于获胜。不久宇宙飞船在进入木星的轨道后，因船长发现某地有与月球上的石柱一模一样的东西，就驶向它，却发生意外。当他醒来时，看见自已正和宇宙飞船在路易十六的寝室中。超越时间与空间，所有的一切东西都消失于白光之中后，飘浮在太空上的绿色地球，由一胎儿看守着，此胎儿正是波曼转世而成的，正继续等待着自己出生的日子。这部内容以不远的未来为背景，在广阔的宇宙空间中，人类将面对不可思议之事。